Après 1663, le Canada est géré directement par le Conseil souverain de Québec, qui se rapporte au gouvernement français à travers le ministère de la Marine.
J'ai ajouté 81 entrées de navires pour cette période et les quelques renseignements trouvés à leur sujet. Ceci représente probablement moins de 5 % du traffic.
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1666 | Ange Blanc | 300 t | de Québec | André Chavitaut |
| Saint-Jean Baptiste | 150 t | --- | Pierre Philie | |
| Moulin d'Or | --- | --- | Pierre Jamin | |
| Amitié | 150 t | frégate, de Québec | Nicolas Gratton | |
| 1673 | Petit Saint-Jean | --- | du Canada, Guillaume Chartier, matelot | --- |
| 1676 | Françoise | --- | --- | Thomas Poittevin |
| 1692 | Ville de Bordeaux | --- | de Bordeaux | --- |
| Providence | --- | naufrage au Cul-de-Sac | Jean Tasseron | |
| 1693 | Sainte-Anne-de-Bordeaux | --- | de Bordeaux | Guillaume Maret |
| Poly | --- | vaisseau du roi | Pierre Lemoyne d'Iberville | |
| 1694 | Industrie | --- | --- | Alain Durant |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1703 | Marie | 40 t. | barque de Québec | Jacques Guyon dit Fresnay |
| Atalante | --- | --- | Jean Léger de Lagrange | |
| 1704 | Philippeaux | --- | brigantin | Louis-Joseph Morel de Ladurantaye |
| Pembrock Glay | --- | navire anglais pris par le Philippeaux | --- | |
| Joybert | brigantin, de Québec | --- | ||
| Diligente | frégate, de La Rochelle | --- | ||
| 1705 | Sainte-Anne-de-Bordeaux | --- | naufrage | --- |
| 1706 | Maréchal de Chamilly | --- | de La Rochelle | Arnaud Mariauchau |
| 1709 | Saint-Jacques | --- | du Canada | --- |
| Hirondelle | --- | brigantin, lieutenant Richard Testu de Larichardière | --- | |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1710 | Hirondelle | --- | brigantin | Pierre Maisonnat dit Baptiste |
| 1711 | Concorde | --- | naufrage à Sept-Îles | --- |
| 1712 | Saint-Antoine | --- | --- | Sébastien Chancelier |
| 1713 | Amitié | 200 t | --- | Simon-Louis Lepoupet de Laboularderie |
| --- | --- | flûte royale, de La Rochelle | Jean Léger de Lagrange | |
| 1714 | Thérèse | brigantin, route Québec-Martinique | Jacques Guyon dit Fresne | |
| 1715 | Saint-Joseph | --- | Jacques Cotor, Jean Laborde , Yves Harguin, matelots | --- |
| 1719 | Cheval Marin | --- | --- | --- |
| Mutine | --- | Mathurin Prieoux, pilote | --- | |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1721 | Saint-Pierre | 35 t | --- | --- |
| Duc d'Olonne | --- | --- | --- | |
| --- | --- | --- | Richard Testu de Larichardiere | |
| Doux | brigantin | |||
| 1723 | Marie | --- | rebaptisé Marie-Joseph | --- |
| 1726 | Reine-des-Anges | --- | --- | Joseph Damour de Freneuse |
| 1727 | Saint-Pierre | --- | --- | Abel Olivier |
| 1731 | Montréal | --- | du Canada | René Legardeur de Beauvais |
| 1732 | Saint-François | --- | --- | --- |
| Montréal | --- | du Canada | René Legardeur de Beauvais | |
| Saint-Michel | --- | du Canada | Charles Chéron | |
| Aimable de Chambly | --- | Route Québec - Saint-Malo | --- | |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1733 | Aimable de Chambly | --- | Route Québec - La Rochelle | --- |
| 1734 | Saint-Gilles Victor | --- | du Canada | Abel Olivier |
| Mignonne | --- | goélette, du Canada | ||
| Catherine | --- | goélette, de Martinique, Philippe Benoît matelot | Louis-David Gaultier ou Louis Lagrois | |
| Saint-Charles | --- | brigantin | Martin Chéron, capitaine en second | |
| Dauphin | --- | brigantin | --- | |
| Triomphant | --- | --- | Pierre Jouënne | |
| 1735 | Saint-François | --- | Jean Renaudin, pilote | Jean Renaud |
| 1736 | Sainte-Anne | --- | --- | --- |
| Adélaïde | --- | de Bayonne | Simon D'aragory | |
| Foudroyant | --- | --- | --- | |
| Saint- Michel | --- | du Canada | --- | |
| Brillant | --- | de La Rochelle | Charles Balmont de Lino | |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1737 | Saint-Philippe | --- | --- | --- |
| Saint-Jean | --- | --- | --- | |
| Renommée | --- | naufrage à Anticosti | --- | |
| --- | --- | de Martinique | Joseph de Latesserie de Lachevrottiere | |
| Brillant | --- | de La Rochelle | Charles Balmont de Lino | |
| Saint- Michel | --- | du Canada | Michel Salaberry | |
| 1740 | Marianne | --- | --- | Joannis Dechevery |
| 1747 | Vierge de Grace | --- | Louis Bazert, chirurgien et Louis Labarre, maître canonnier | --- |
| Philibert | --- | --- | --- | |
| Renommée | --- | --- | Jean Troplong | |
| --- | --- | Le capitaine est probablement Charles Balmont de Lino | Dulino | |
| Année | Nom | Tonnage | Note | Capitaine |
| 1748 | Lion de Montrose | --- | Caraïbes | Paul Foucher |
| Saint-Roch | --- | --- | --- | |
| 1749 | Saint-Jacques | --- | --- | --- |
| Saint-Ursin | --- | navire de pêche, équipage de 13 personnes. | Romatet | |
| Aimable Jeanne | --- | --- | François Segnorets | |
| Vison | --- | --- | --- | |
| Araminver | --- | --- | --- | |
| 1750 | Marie-Charlotte | --- | Goélette, de Québec | François volant dit Deschamblain |
| 1752 | --- | --- | Maurice Simonin | |
| Saint-Roch | --- | --- | Joannis de Lavallette | |
| Saint-Charles | --- | navire de pêche de Québec | --- | |
| Benjamin | --- | de Bordeaux | Marceau-Larreguy | |
| 1753 | Grand Cyrus | --- | --- | Louis Bouyries |
| Saint-Jean-Baptiste | --- | goélette, route Québec - Martinique | Charles Lefèbvre | |
| 1754 | --- | --- | --- | Léon Roussy |