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二次大戰時期
海軍戰鬥爆破隊 (NCDT Naval Combat Demolition Team)
1962年1月1日，美國總統甘迺迪宣布正式成立世界上第一支三棲特種作戰部隊，這支特種作戰部隊，就是海豹特遣隊第一和第二隊，負起維護世界秩序的責任；海豹特遣隊的起源，卻可以追溯至二次大戰時期的海軍戰鬥爆破隊。1942年5月，一支海軍戰鬥爆破隊於弗羅里達洲正式成立，這支部隊的成員來自海軍工兵部隊(Naval Construction Battalions)及海軍陸戰隊偵察暨突擊隊(Naval / Marine Corps Scout and Raider)的志願人員，這些人員全都擁有過人的體質及水中工作經驗，其中包括職業潛水員，這些海軍戰鬥爆破隊員所接受的訓練與今日海豹特遣隊員所受的訓練可謂如出一轍：不斷的體能及爆破訓練！只是沒有今天的各種特殊裝備！
當時賦予海軍戰鬥爆破隊的任務並不簡單：作為一支兩棲登陸的先遣部隊，預先對敵岸灘頭進行掃雷與破壞防禦工事，以便後續的主力部隊能夠順利登陸。當時，海軍戰鬥爆破隊的損失非常慘重，他們以7人1隊(6名士兵及一名軍官)的方式擔任兩棲先鋒，在沒有任何重型武力的支援下，以橡皮艇或游泳的方式潛入敵區進行滲透，破壞與偵察的任務。
1942年11月20日，美國海軍陸戰隊在太平洋的一處名叫塔拉瓦的小島上遭受了一次慘重的教訓：在地理情報及敵軍情報不足的情況下進行了一次冒險的兩棲作戰行動，當時，運載海軍陸戰隊的運輸艇於離岸邊500呎的地方觸礁，士兵愴惶間下水，徙步衝向灘頭，結果部份由於身上沈重的裝備而直沈下海，餘下的部隊在日軍重機鎗及砲火下慘遭屠殺，通往灘頭的路上舖滿了數百具海軍陸戰隊員的屍體。美軍在此役中明白到四個影響兩棲作戰的主要因素：
1)敵部隊的直接攻擊火力；
2)敵人的岸邊防禦障礙物；
3)天然的障礙物；
4)時間與及登陸路線的長短。
此後，美軍對登陸前的地形勘察工作相當重視，開始重用戰鬥蛙人，以進行兩棲登陸前對敵岸的水文及防禦工事偵察，並且對即將進行兩棲作戰的灘頭進行爆破清理工作。
1944年6月6日，著名的諾曼第戰役中，第一個進行兩棲作戰的士兵就來自海軍戰鬥爆破隊(NCDT Naval Combat Demolition Team)，海軍戰鬥爆破隊負責清除海灘上的障礙物，這些障礙物包括混凝土工事、鋼鐵製的「龍牙」(Dragon Teeth)、地雷及有刺鐵絲網等等，在缺乏火力掩護的情況下，海軍戰鬥爆破隊於凌晨時分展開清理工作，他們游至岸邊，一個接一個的把障礙物裝上炸藥，當登陸部隊出現於海面時，爆破工作仍未完成，運輸艇把官兵送到灘頭，美軍在德軍的重火力攻擊下登陸，部份美軍在障礙物後躲避德軍砲火，結果因為障礙物上的炸藥爆炸而斷送性命，部份障礙物因為大量部隊接近而無法爆破，最後，海軍戰鬥爆破隊在慘重犧牲下清理了五個灘頭，完成了使命--猶他灘頭戰損30%；奧瑪哈灘頭戰損65%；整體損失40%！

水中爆破大隊 (UDT Underwater Demolition Team)
海軍戰鬥爆破隊的價值已於諾曼地登陸中得到證實，另一方面，在太平洋戰區中，跳島作戰造就了大量的兩棲作戰機會，水中爆破大隊亦宣佈成立，其編制及任務亦與海軍戰鬥爆破隊相同；當時服役於水中爆破大隊的士兵共100人及13名軍官，仍以7人1 隊的方式執行任務。水中爆破大隊吸取了塔拉瓦及諾曼第的教訓，把登陸前的偵察及清理工作列作例行工事。登陸前4天(D-4)，水中爆破大隊便會展開地理偵察工作，把灘頭的情況詳情報告，包括一切天然及人為障礙物、敵人兵力及火力分佈、可供登陸的路線以及登陸後灘頭的出路等資料。登陸前1天(D-1)，水中爆破大隊的官兵便會爆破灘頭的障礙物，在海空掩護火力支援下，運載水中爆破大隊的驅逐艦於離岸7浬處放下4艘登陸艇，每艘於艇沿繫著一艘橡皮艇，4艘登陸艇形成一條直線平衡衝向灘頭，離灘頭一千米時，艇首向岸，蛙人登上橡皮艇，然後下水，下水後排成一直線，在指揮官的領導下游向灘頭執行任務，任務完成後，蛙人再次排成一直線， 登陸艇以高速接近，一個接一個以繩鉤帶上橡皮艇，再登上登陸艇，這種出發及回收方式大大增加了蛙人的存活率，並且沿用至今，至二次大戰結束為止，共有34個小隊及3500名官兵於水中爆破大隊服役。

韓戰
隨著第二次大戰結束，世界進入冷戰時代，韓國分裂成支持共產主義的北韓和支持美國的南韓，1950年韓戰爆發，北韓大舉南侵，瞬間佔領南韓首都漢城，聯合國通過出兵支援南韓，然而聯合國部隊受阻於南方，麥克阿瑟將軍為了打破此一困局，遂決定於仁川展開一場大規模兩棲作戰，仁川是一個位於朝鮮半島西面的港口，十分接近陷於北韓手中的漢城，務要一舉打敗北韓軍隊，光復南韓首都，港中地形極不利於兩棲作戰，登陸距離十分長，登陸部隊勢將長期暴露於敵人砲火之下，為了減低損失，水中爆破大隊便擔起偵察及清理登陸區的艱巨任務，結果，1950年9月15日，仁川一役成為現代兩棲作戰的典範，50000名登陸部隊於320艘艦艇及空中火力支援下分兩個方向突襲仁川港口，北韓軍隊受到完全奇襲，聯合國部隊只遭受輕微抵抗，北韓軍隊舜即向內陸逃竄，這場戰役的成功，除麥克阿瑟將軍的戰略眼光及士兵的英勇外，水中爆破大隊的努力亦應記一功，水中爆破大隊提供的情報大大提高了計劃的可行性及成功率，使仁川一役以勝利結束。
隨後，水中爆破大隊的任務除了沿岸偵察及灘頭清理外，由於其特殊的滲透及爆破技能，亦加入了橋樑、鐵路、運河及沿內河目標的破壞工作，隨著戰爭的發展，水中爆破大隊的任務甚至包括了利用直昇機進出敵境以及水面跳傘、運送間諜滲透北韓等特殊任務。這時，水中爆破大隊已漸具今日海豹特遣隊的雛型。

越戰
1960年1月1日，甘迺迪總統認為海軍需要一支專業的部隊以進行滲透、偵搜、破壞及反恐怖任務。於是下令成立第一及第二海豹特遣隊，分別配屬太平洋艦隊及大西洋艦隊。初期兵源均來自水中爆破隊，除了基礎水中爆破訓練外，更增加了海陸空三棲作戰、游擊戰與情報訓練。
1963年，美國出兵支援南越政府，甘迺迪總統吸取了英軍於1950年代對抗馬來西亞民兵的成功經驗，學習敵人的游擊戰術轉而運用於對付敵人，並且積極訓練當地士兵，把戰爭當地化；戰爭的形態亦隨著時代和地區而變化，滲透、伏擊、打擊敵人補給線取代了傳統的大規模攻勢--甚至結束二次大戰的核子攻擊的地位，成為贏得戰爭的新方法。海豹特遣隊肩負著水中滲透、情報收集、伏擊越共、長程偵察及搜救戰俘的任務。毫無疑問，越戰正是海豹特遣隊的最佳實驗場地，海豹特遣隊在實戰中試驗其各種裝備及戰術，那些可行，那些不可行，很多海豹特遣隊的特殊裝備和戰術，例如利用「波士頓捕鯨船」或直昇機進行滲透或撤離等，都是於越戰中發展出來。
由於美國政府協防南越的政策，造成在越戰中的美軍只能採取被動攻勢，但被賦予河防任務的海豹特遣隊不同於一般步兵的固定巡邏與戰鬥方式，以2人一組，14人一排的編制，利用內河巡邏艇(PBR)，海豹戰術突擊小艇(STAB)或武裝登陸艇(LCM)深入湄公河三角洲，對越共進行突擊與暗殺的行動。
在湄公河三角洲地區中，海豹特遣隊的成就最為超卓，海豹特遣隊不但進行傳統的伏擊行動，亦會把行動擴大至多軍種協同作戰的程度，每次海豹特遣隊出發進行任務或進行巡邏的時候，都會得到海軍快艇、空軍攻擊機及直昇機的火力支援、南越省級偵察小隊的情報支援，並且在任務完成後利用安排好的直昇機撤出，而海豹特遣隊著名的UNODIR(Unless otherwise directed --除非另有指示、否則...)的報告方式更成為軍中一時佳話。初期海豹隊員穿著虎紋迷彩或叢林迷彩服，臉上塗滿綠色油彩，頭上戴著叢林帽或綁著頭巾，使用新式M-16步鎗。為了防止褲管積水，隊員通常都不紮綁腿，並將鞋帶打死結以防止野戰靴在泥濘中脫落。在熟悉越共的活動方式後，海豹隊員更使用越共的戰術與裝備，穿著黑衣、草鞋或赤腳，使用AK-47或K式衝鋒鎗，在越共活動頻繁地區設置陷阱或詭雷裝置，甚至把會導致爆膛的彈藥放到越共的補給品中。海豹特遣隊使用「打了就跑」的戰術，憑其特殊編制，發揮小巧、靈活的特點，無聲無息的對越共展開突擊行動，在越共還沒有反應過來前便已消失於叢林之中，讓越共聞之喪膽。越共不但稱他們為「綠面人」及「秘密藍眼殺手小隊」，更貼出懸賞公告緝拿海豹特遣隊的領導軍官。海豹特遣隊在越南一戰成名，不但獲得多項勳章的肯定，更將美國大眾的焦點從陸軍綠扁帽部隊移至這支新興的海軍特種作戰部隊。總計海豹特遣隊在越戰中共損失46名隊員，但是遭到海豹隊員狙殺的越共及北越正規軍則將近9千多人。

恐怖主義的挑戰
鷹爪行動
1980年美國駐德黑蘭大使館遭到伊朗革命衛隊佔領，美軍曾派出海豹特遺隊滲透德黑蘭市區以提供相關情報。而負責救援任務的遊騎兵與三角洲部隊則前往代號為「沙漠1號(Desert One)」的地點集結，因此該行動又稱為「沙漠1號」行動。但是在行動前夕救援部隊先後發生組員脫隊及撞機意外而被迫使該行動取消。就在鷹爪行動(Eagle Claw)失敗後，美國立即籌組一支跨軍種的聯合特遣隊(JTF)，並準備第2次救援行動。於是海軍於1980年10月成立一支專司反恐怖的特別部隊：第六海豹特遣隊；最後，事件以政治性手段獲得解決，雖然海豹特遺隊並未對整個事件有深入的參與，但鷹爪行動的失敗卻直接影響了海豹特遣隊及整個美國特種作戰的發展。1983年由於海豹特遺隊的戰力日趨成熟，因此海軍便將水中爆破大隊全部編入海豹特遺隊，從此水中爆破大隊成為歷史名詞。 1988年第八海豹特遣隊成立，初期任務主要針對海上目標，如船隻及鑽油臺等，後來第八海豹特遣隊被分派負責中、南美洲地區的特戰任務，並協助巴拿馬等國家建立其特別部隊以對付擁有私人軍力的犯毒集團。

格林納達 -- 「火急狂怒」行動
1983年美軍入侵格林納達以保護當地橋民及維持該地區秩序，海豹特遺隊亦奉命前往參加作戰，任務包括：
1)空降區偵察任務；
2)佔領電波發射塔；
3)會合三角洲部隊拯救英國駐當地總督。
來自第六海豹特遣隊的一個排負責對格林納達西南方一處狹窄的地區進行偵察，該地區為格林納達一處新建成的機場並原定為空降著陸場地。隊員利用空降方式滲透目標地區，結果因為裝備過重，加上海象異常惡劣，3名隊員於跳傘後直沈下海，就此殉職，兩艘PBL之中一艘無法尋回，另一艘PBL及隊員則仍向目標進發，但因遇上格林納達巡邏艇而折返，整個行動被迫取消，餘下隊員於翌日救起。另一組來自第四海豹特遣隊的隊員則利用傳統的快艇滲透方法，對一處原定於進行兩棲突擊的灘頭及一處原定於進行空降攻擊的機場進行偵察；結果，該處灘頭被證實由於暗礁所礙而無法進行兩棲登陸，機場則因為已經被守軍固守，不宜進行空降。
負責佔領電波發射塔的第六海豹特遺隊員雖然成功完成任務，完整地攻下電波發射塔，但在守軍的第二波包括裝甲車的優勢兵力反擊下，海豹特遺隊員只好撤退，有賴於良好的訓練，整個小組得以安全脫離。
另一方面，負責拯救英國總督的行動則很不順利，首先，直昇機駕駛員無法找到預定降落地點，幾經努力下，直昇機才到達預地降落地點，卻發現該地根本不可能進行降落行動，其中一架直昇機更被守軍砲火所擊落；兩個排的海豹特遣隊員只好利用游繩方式垂降至地面，進入總督府救回英國總督及其家人，不幸卻再次發生，守軍在裝甲車輛及重機鎗火力的支援下向海豹特遺隊展開激烈反擊，海豹特遺隊賴以召援的兩部無線電卻因為功率不足而無法和友軍取得聯絡，幸好一架AC-130火力支援機無意中接收到海豹特遺隊的求救訊息而趕往救援，擊退一波又一波的守軍，海豹特遺隊才得以支持超過24小時，最終獲得海軍陸戰隊的支援。
整個行動可以說是一項敗筆，美軍又從實戰中上了寶貴的一課，然而這些經驗卻是用鮮血所換來的，事後，美國軍方作出了多方面的檢討，並對特種作戰定下了全新的戰術及支援組織。

巴拿馬 -- 「正當理由」行動
1989年12月，美軍入侵巴拿馬，這次，美軍吸取了以往的經驗，在行動前訂下了詳細的計劃，整個特種作戰部隊都在USSOCOM指揮之下，海豹特遺隊負責兩項任務：1)炸毀巴拿馬巡防艦「Presidente Porras」；2)炸毀諾列加專機。
負責炸毀巴拿馬巡防艦「Presidente Porras」的威士紀小組在遭遇輕微抵抗下順利完成任務，但炸毀諾列加專機的行動卻換來災難性收場。海豹特遺隊打算以兩個排的兵力完成任務，然而，在任務發動前十五分鐘，預先到達機場埋伏的部隊約40人為守軍所發現，並遭到圍攻，最後，諾列加的專機被炸 -- 卻不是因為海豹特遣隊，而是一場意外，海豹特遺隊卻負上4人殉職，8人受傷的沈重代價，事後，單是運走受傷的隊員便花上將近一個半小時。

海灣戰爭
第一回合
1990年底，伊拉克特然入侵鄰國科威特，聯合國派出維持和平部隊進駐沙地阿拉伯，準備在和平談判失敗時發動「沙漠風暴」行動，以武力迫使伊拉克撤出科威特。在「沙漠風暴」行動展開前，海豹特遣隊便已經受命佔領部份鑽油臺，以保持運河航道的暢通，並且部份隊員更打扮成遊客模樣，滲入伊拉克佔領下的科威特進行地形及敵情偵察任務，當地面部隊進攻當日，就是依靠這些情報，順利進駐科威特並且乘勝追擊伊拉克的殘餘部隊。

第二回合
海豹特戰隊在波灣戰爭的貢獻除了提供可靠的情報外，還包括了一項大膽的軍事行動：「欺敵行動(Operation Deception)」，1991年2月24日沙漠風暴行動前一天凌晨，海豹特戰隊在小艇隊的協助下，於科威特東岸以6名海豹隊員滲入科威特海岸，並裝設大量炸藥。在引爆炸藥的同時海豹隊員對岸上不停的以各種輕、重型武器向岸邊射擊，製造兩棲登陸的假象，迫使伊拉克軍從邊境調來兩個最精銳的共和國衛隊師，大大減輕了聯軍地面部隊的阻力，讓聯軍部隊能順利的長驅直入。