ชื่อภูเก็ตได้ปรากฏในสมัยอยุธยาราว พ.ศ. 2196 โดยพระเจ้าทรงธรรมได้พระราชทานที่ดินให้ฮอลันดาสร้างสถานีเก็บสินค้าที่เกาะภูเก็ตเพื่อรับซื้อแร่ดีบุก และเป็นชื่อที่เรียกกันในหมู่ชาวต่างประเทศ ดังเช่นในจดหมายของพ่อค้าชาวฝรั่งเศษในปี พ.ศ.2224 นอกจากนี้ ชื่อภูเก็ตยังปรากฏในจดหมายเหตุท้างเทพ ฯ เกี่ยวกับคุณเทียน บุตรชายของท่านผู้หญิงจันได้รับตำแหน่งเจ้าเมืองภูเก็จ (สะกด ด้วย จ ) สำหรับที่มาของคำว่า "ภูเก็ต" นั้นมีผู้สันนิษฐานว่ามจากคำว่า บูกิ๊ต หรือบูเก๊ะ เป็นภาษามลายู แปลว่า "ภูเขา" บ้างก็ว่าควรเขียนว่า ภูเก็จ สะกดด้วย จ ซึ่งแปลว่า ภูเขาแก้ว เป็นคำไทยแท้ๆ ไม่ได้นำมาจากมลายู สำหรับการเขียน ภูเก็จ ที่สะกดด้วย จ นั้น พอจะสรุปความเป็นมาได้ดังนี้ คำว่าภูเก็ต แต่เดิมเรียกว่า ภูเก็จ คือใช้ "จ" สะกด หนังสือราชกัจจานุเบกษาใช้ "จ" สะกดมาจนถึง พ.ศ. 2449 (ร.ศ. 125) ตั้งแต่ พ.ศ. 2450 เป็นต้นมาหนังสือต่างๆ ที่เขียนเกี่ยวกับภูเก็ตก็มาใช้ "ต" สะกดมาโดยตลอด

         หลักฐานอีกอย่างหนึ่งเกี่ยวกับชื่อภูเก็จ คือวารสารเทศาภิบาลของกระทรวงมหาดไทยใช้ "จ" สะกด เท่าที่มีหลักฐานให้ค้นได้คือจนถึง พ.ศ. 2458 ยังคงใช้ "จ" สะกด จนถึง พ.ศ. 2472 ใช้ "ต" สะกด ซึ่งหลักฐานของการเปลี่ยนแปลงยังไม่ปรากฏแน่นอน แต่สิ่งที่พอจะเป็นหลักฐานอ้างอิงได้ว่าชื่อภูเก็ตในอดีตเขียนว่า ภูเก็จ ซึ่งหมายถึงภูเขาแก้ว ดังนี้

1.จดหมายเหตุเมืองถลางฉบับ 1 และฉบับ 4 คุณเมียน ประทีบ ณ ถลาง (บุตรชายท้าวเทพกรัษัตรี) ได้เป็นเจ้าเมืองภูเก็ต เขียนในจดหมายเหตุว่าเมือภูเก็จ และต่อมาได้รับพระราชทานตำแหน่งเป็น "พระยาเพชรครีศรีพิชัยสงครามรามคำแหง" อันหมายถึง ตำแหน่งผู้ครองเมืองภูเขาแก้ว นั่นเอง
2.พระราชหัตถ์เลขาของพระบาทสมเด็จพระมงกุฏเกล้าเจ้าอยู่หัว ขณะดำรงพระยศเป็นพระบรมโอรสาธิราช กราบบังคมทูลรายงานกิจการเหมืองแร่ในมณฑลภูเก็จต่อพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เมื่อครั้งเสด็จหัวเมืองปักษ์ใต้ ร.ศ. 128 ทรงเขียนว่า มณฑลภูเก็จ
3.หนังสือราชการของกระทรวงเกษตราธิการซึ่งเสนาบดีกระทรวงเกษตราธิการ เขียนถึงพระยารัษฎานุประดิษฐ์ฯ ข้าหลวงเทศาภิบาลมณฑลภูเก็ต หลักฐานฉบับนี้เขียน "มณฑลภูเก็จ"
4.ตราประทับของกระทวงมหาดไทย ประจำมณฑลภูเก็ตเขียน "จ" สะกด
5.เครื่องบินประจำมณฑลภูเก็ต เขียนข้างเครื่องบินว่า "มณฑลภูเก็จ"
6.ภาพแผนที่ระวาง ซึ่งเขียนโดยกรมแผนที่ทหาร ก็ใช้คำว่า "ภูเก็จ"

         ส่วนคำว่า "ภูเก็ต" ที่ใช้ในปัจจุบันนั้น สุนัย ราชภัณฑารักษ์ อดียผู้ว่าราชการจังหวัดภูเก็ต (พ.ศ. 2512 - พ.ศ. 2518) ได้กล่าวถึงที่มาของคำว่าภูเก็ตเอาไว้ในหนังสือ "ภูเก็ต" ว่า"โดยทางตะวันตกของเกาะนี้ มีสภาพเป็นเทือกเขาใหญ่น้อยลาดลงริมทะเล ถ้ามองจากท้องทะเลด้านนี้ก็มองเห็นเป็นภูเขาไปทั้งเกาะและคำว่าภูเก็ตนั้นภาษาชาวพื้นเมืองเรียกว่า บูเก๊ะ เกาะที่และเห็นเป็นภูเขาทอดยาวออกมาในทะเลจึงคงจะถูกเรียก "เกาะบูเก๊ะ" และโดยที่ฝรั่งออกเสียงคำหนักที่ลงท้ายด้วยสระไม่มีตัวสะกด ไม่ค่อยชัดก็เลยออกเสียงเป็น "บูเก๊ต" แล้วต่อมาก็กลายเป็น บูเก็ต หรือ ภูเก็ต ตามสำเนียงไทยไป" สำหรับชื่อภูเก็ตในอดียนั้นไม่ปรากฏชื่อภูเก็ตในหนังสือทางราชการแต่อย่างใด เพราะสมัยที่อยู่ในการปกครองของเมืองนครศรีธรรมราชเรียกชื่อว่า "ตะกั่วถลาง" พอเข้าสมัยอยุธยา สัญญาทางไมตรีกับฝรั่งเศส ฉบับภรษาไทยก็เรียก "เมืองถลาง " มาโดยตลอด มิได้เรียกว่า "ภูเก็ต" ชื่อ "ภูเก็จ" จึงปรากฏในสมัยรัตนโกสินทร์ซึ่งปรากฏเป็นหลักฐานในเอกสารเมืองถลางตั้งแต่ พ.ศ. 2328
ในเรื่องนี้พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าฯ (ร.6) ได้ทรงพระราชนิพนธ์ไว้ในจดหมายเหตุเสด็จประพาสหัวเมืองปักษ์ใต้ ร.ศ. 128 (2452) โดยใช้นามแฝงว่า นายแก้วมีความว่า ".....เมืองภูเก็จนั้นเป็นเมืองที่เพิ่งจะมีขึ้นใหม่ ๆ ผมดูว่าน่าจะมาจากภาษามลายูว่า "บูกิต" แล้วจึงแปลงมาเป็น "พูเก็ต" ต่อมา บางทีจะมีใครที่มีความรู้ภาษาไทยดีๆ มาคิดเขียนสะกดตังเสียใหม่ว่า "ภูเก็จ" ให้สำเนียงคงอยู่อย่างเดิม แต่ให้มีคำแปลขึ้น คือผสมคำว่า "ภ" แปลว่า เขา กับ "เก็จ" แปลว่า ฝั่ง เข้าด้วยกัน....." จึงสันนิษฐานว่าจากพระราชดำริของ ร.6 นั้น อาจจะมีส่วนทำให้เปลี่ยนวิธีเขียนชื่อจาก "ภูเก็จ" เป็นภูเก็ตก็ได้

        สรุปได้ว่า ชื่อ จังซีลอน ถลาง สลาง ภูเก็จ และภูเก็ต เป็นชื่อที่ใช้เรียกจังหวัดภูเก็ตทั้งสิ้นเพียงแต่เป็นที่ใช้เรียกในต่างเวลา ต่างวาระเท่านั้น