1880 wurde mit dem Bau des Ems-Jade-Kanal begonnen (Bauende 1888), der Emden mit Wilhelmshaven verbindet. In Emden ist die „Kesselschleuse“ (fertiggestellt 1886) das Verbindungsstück zwischen Ems-Jade-Kanal, Hafen, Stadtgraben und dem heutigen Fehntjer Tief (früher Wolthuser Tief).

Zwischen 1892 und 1899 wurde der 282 km lange Dortmund-Ems-Kanal gebaut, der das östliche Ruhrgebiet mit der Nordsee verbindet. Durch die Einfuhr von Erz aus Norwegen und Schweden für die Hochöfen im Ruhrgebiet und die Ausfuhr von Kohle aus dem Ruhrgebiet entwickelte Emden sich zum größten deutschen Massenguthafen.

Zwischen 1899-1900 wurde gleichzeitig mit dem Bau des Dortmund-Ems-Kanals der neun km lange Ems Seitenkanal zwischen Oldersum und Emden angelegt, der für die Schiffe eine unmittelbare Verbindung mit dem Emder Binnenhafen darstellt.