Zwischen 1881 und 1883 entstand die Nesserlander Schleuse östlich der alten Nesserlander Entwässerungsschleuse. Dadurch wurde die Stadt vom Außenfahrwasser abgetrennt und es entstand ein tideunabhängiger Dockhafen.

Durch den Bau des Dortmund-Ems-Kanals stieg der Warenumschlags im Hafen an. Dies führte zu einem erneuten Ausbau des Emder Hafens. So wurde zwischen 1907 und 1913 die Große Seeschleuse gebaut, die den Außenhafen mit dem Neuen Binnenhafen verbindet.