Ingreso a la academia de la flota a pesar de la opinión de su padre, Kotalak, la decisión de ingresar contó con el apoyo del capitán Sulu, ya en la academia entreno como piloto egresando de ella en 2354.
Deserto de la flota en 2370 para unirse al movimiento Maquis, ya que su planeta natal había quedado bajo tutela Cardassiana, nunca supo que Tuvok se había infiltrado en su tripulación del Badlands por ordenes de Janeway.
En 2371 ocurre el mencionado incidente que los lleva al cuadrante delta, a la Badlands primero y luego al USS Voyager. Chakotay se enfrenta con los Kazon perdiendo su nave y ordenando el traslado a la USS Voyager donde ocupo la plaza de primer oficial.
Tuvok no era el único infiltrado en la Badlands, a bordo del Voyager descubrió que Seska era una Cardassiana se había alterado quirúrgicamente para parecer Bajorana.
En 2372 se creyó que tenia un hijo producto de ADN robado, pero se comprobó que no era efectivo. En 2373, Chakotay descubrió que una colonia BORG en la Extensión de Nekvit. Sus lesiones fueron sanadas cuando entro brevemente en la conciencia colectiva.
Cuando su padre murio defendiendo su tierra de los Cardassianos reconoció la importancia de su herencia y tatúo en su frente el honor de su padre difunto.
Acostumbra usar su guía animal para encontrar orientación en su vida a la vez de practicar rituales medicinales.
Harry nacio en Carolina del Sur el año 2349, gusta de tocar el clarinete (gastando semanas de ración de replicador para poder replicar uno) y le pesa no poder comunicarse con su familia.
El USS Voyager es su primera asignación, siendo reclutado por Janeway para la misión de búsqueda de la Badlands, misión en que las dos naves son llevadas al cuadrante Delta.
En la fecha estelar 50698, Kim se infecto con un retrovirus genéticamente diseñado para hacerlo creer que era un Taresiano y poder obtener su material genético, también en la ocasión que se crearon dos naves paralelas, murio en una y fue traspasado desde la otra cuando su nave original fue autodestruida.
