No Dia dos Mortos, Jarod torna-se um professor de anatomia numa universidade, para descobrir o assassino de um estudante de medicina. Ele descobre que um médico estava envolvido em experiências com o intuito de ressuscitar pessoas mortas. Em meio à suas investigações, Jarod tem estranhos pesadelos que lhe possibilitam lembranças do Centro. Enquanto isso, dois novos agentes estão infiltrados na caça de Jarod. Sr. Lyle e Srta. Brigitte. Nesse episódio, o Sr. Parker desaparece misteriosamente. 

Jarod é um arrombador de cofres, com o intuito de ajudar um homem honesto a ficar com o filho. A Srta. Parker e Sidney descobrem mais sobre os dois novos agentes empenhados na captura de Jarod.

Fazendo parte de uma equipe de salvamento, Jarod tenta descobrir a verdade sobre um acidente que deixou um homem em estado de coma e com amnésia. Nesse mesmo episódio, Jarod faz chantagem com o Centro, tentando descobrir quem tentou matar o Sr. Raynes.

Jarod é um fotógrafo de modelos empenhado em descobrir quem está ameaçando as modelos e levou uma delas ao suicídio. O Sr. Parker reaparece nesse episódio sem dar explicações a ninguém.

Como um cirurgião plástico, Jarod descobre quem desfigurou o rosto de um jovem, ao remover o osso do queixo. Nesse episódio, o irmão de Jarod, outro pretender, o Kyle, aparentemente está vivo.

Jarod descobre que o Sr. Lyle usou uma de suas simulações para raptar uma testemunha essencial contra a máfia, ele declara guerra ao Centre e vira a máfia contra o Sr. Lyle. A Torre fica insatisfeita com a conduta do Sr. Lyle em deixar o Centre vulnerável.

Jarod faz-se passar por um tenente para ajudar uma mulher a limpar o nome do seu pai considerado traidor. No Centro, Broots traz a filha ao trabalho por não ter conseguido uma babá para tomar conta da Debbie, mas depois surge um problema em que ele tem de deixar a cidade por uns dias. Ele pede a Srta. Parker para tomar conta de sua filha e ela aceita.

Jarod é um coordenador de efeitos especiais para descobrir o motivo de um acidente grave numa gravação de anúncios para uma marca de cerveja que causou queimaduras graves num dublê. No Centro, a Srta. Parker, Sydney e o Broots recebem um boneco mecânico (presente de Jarod) chamado "Igor". No entanto, Jarod queria apenas dizer algo mais sobre o Sr. Raynes, pois, "Igor" trabalhava com o Mr Raines e pode estar relacionado com o sub-nível 27, a chave para a morte da mãe da Miss Parker e o passado do Jarod. Nesse episódio, sabe-se que o nome verdadeiro do Ângelo é Timmy.

Jarod tenta descobrir a verdade sobre a morte de um garoto de 8 anos, que caiu de um prédio que era considerado perigoso e marcado para demolição. Mas, o rapaz tinha "obrigações" com mulheres que recorriam aos serviços de agência de acompanhates. . .

Jarod torna-se duas pessoas ao mesmo. Seu primeiro personagem é um falsificador e o outro um agente disfarçado do Departamento de Justiça do EUA. A Srta. Parker descobre que o Sr. Lyle está vivo e matou os agentes de um dos departamentos do Centre para roubar um chip de computador que contem códigos genéticos secretos (que podem estar ligados ao Jarod).

Jarod junta-se a equipe da SWAT para expor alguns membros da equipe que podem estar ligados aos gangsters. Ao mesmo tempo, Jarod manda um certificado de nascimento ao Sydney de 1974, possivelmente de um filho que o próprio Sidney desconhecia.

Jarod troca sua passagem de avião pela de um jovem que está com pressa para se inscrever na universidade em San Diego. Mais tarde Jarod descobre que o avião não conseguiu chegar ao seu destino. Sentindo-se culpado, assimila um inspetor de aviação (NTSB – National Transportation Safety Board) para descobrir quais as causas do acidente. Enquanto isso, a Srta. Parker, Broots e Sidney estão envolvidos numa trama para descobrir o passado do Sr. Lyle

Fazendo-se passar por um milionário e pai de uma criança que fora raptada, Jarod luta para conseguir salvar o menino. No entanto, devido as circunstâncias, Jarod sofre crises emocionais ao recordar seu próprio passado. Nesse episódio, Jarod corre o risco de ser capturado e de não conseguir suas intenções de salvar a criança.

Jarod leva a Srta. Parker a um  banco de Dover Town em Delaware (localizado perto do Centro) para lhe dar algumas cartas que a mãe dela escreveu pouco antes de morrer. O banco é assaltado e as intenções de apresentar o Sr. F. que sabia algo a respeito do passado da Srta. Parker é interrompido. Nesse episódio, há evidências claras que Jarod fazia parte de um projeto chamado PRODIGY e que os "Red Files" (Arquivos Vermelhos) contém a informação que eles procuram.

2x 43 _ Sanguinários

Jarod tenta evitar que outro rapaz sofra o mesmo destino que ele teve. Pois, Sr Raynes está reiniciando o Projeto Pretender em conjunto com uma clinica, NuGenesis, noSL-27 (que foi completamente restaurado). A Srta. Parker descobre que tem um irmão gêmeo que pode ser o Ângelo ou o Lyle. Enquanto isso, Sydney não suporta ver aquilo tudo acontecendo outra vez, um outro garoto tirado da família por Raynes, pois ele já carregava sua culpa em relação ao Jarod, então, ele coloca uma bomba no SL-27. Nesse episódio de final de temporada, descobre-se que foi um homem entre as sombras que matou a mãe da Srta. Parker. Possivelmente, o próprio pai de Jarod. Inconformada com isso, a Srta. Parker quase mata Jarod se não fosse pelo Sr. Raynes que chega repentinamente. Sidney e Broots tentam avisar a Jarod sobre a bomba, mas é tarde demais. . .