Con la selección albiceleste ha jugado un total de 48 partidos. Su debut se produjo el 18 de Junio de 1.992, en la que Argentina ganó a Austria por 2-0. Fue convocado para ir a la Olimpiada de Seúl, cuando tan sólo contaba con 18 años, siendo el jugador más joven del equipo. En 1.990, a las puertas del Mundial de Italia, Bilardo decidió llamarle, pero cual fue su sorpresa cuando Redondo se negó a ir argumentando que no podía descuidar sus estudios de Ciencias Económicas; aunque de todos es conocido sus desavenencias con el estilo de juego bilardista y su apoyo a Menotti en todo momento. Entrenadores como Cantatore, Valdano, Cruyff o Maturana son sus favoritos. 
    En el Mundial de Estados Unidos (94) jugó los cuatro partidos completos, dando una asistencia de gol a Maradona en el partido contra Grecia. A partir del  Mundial, Daniel Pasarella se hizo cargo de la selección, implantando la polémica y la norma de no permitir a sus jugadores desarrollar su trabajo con el pelo largo. Algunos jugadores como Batistuta accedieron, pero jugadores de la personalidad de Redondo rehusaron acatarse a tan estúpida norma. Un año más tarde, en el 97, Argentina tenía un partido crucial de cara a la clasificación del Mundial de Francia 98, entonces el "señor" Pasarella se olvida del tema del pelo y decide  llamar a Redondo, pero éste rehúsa ir, negándose a trabajar con un hombre que públicamente le llamó mentiroso. Desde entonces Redondo tiene difícil volver a jugar con su selección, sobre todo siendo Grondona presidente de la Federación Argentina y Pasarella su entrenador. Llega 1998, y con ello el mundial de Francia que se convierte en una autentica prueba de fuego para el seleccionador argentino. Logra pasar la primera fase sin excesivos apuros en un grupo excesivamente fácil con Jamaica y Japón. En octavos de final pasa muchos apuros ante Inglaterra a la que consigue derrotar por penaltis. Sin embargo, en cuartos cae contra Holanda y las críticas contra el seleccionador provocan su cese después del mundial. El principal problema de Argentina durante el mundial, curiosamente, fue la falta de un líder que aportara personalidad y clase en el centro del campo (¿les suena de algo el nombre de Fernando Redondo?); la verdad es que Almeyda está a años luz del 6 madridista. La salida de Passarela de la selección albiceleste provoca que Redondo pueda volver a ser convocado por su selección ya que Marcelo Bielsa es contratado como nuevo seleccionador,