Alternar a cor dos Pokémons:
O segredo para a variação das cores está nos nomes que você dá para seu Pokémon. Enquanto há alguns nomes secretos que mudam apenas as cores de certos Pokémons, há alguns truques que resultam em diferentes variações de cores. Por exemplo: use apenas letras minúsculas (pikachu), inverta as sílabas (Chukapi), abrevie os nomes (Pika).

Batalha com Mewtwo:
Para habilitar uma batalha 6 contra 1 com Mewtwo, vença o Gym Leader Castle e obtenha troféus nos 10 torneios no Stadium Mode. A tela do mapa se tornará uma cena noturna e um torneio bônus irá se abrir na qual você batalha contra o Pokémon psíquico Mewtwo (#150). Vencendo Mewtwo você habilita um novo modo de jogo.

Adesivos bônus:
Vencendo os modos R-1 Mode (incluindo Mewtwo) e R-2 (incluindo Mewtwo), você ganha adesivos bônus que você pode acessar no Gallery Mode. Quando estiver na tela principal do modo Gallery, segure L e R e mova o cursor para Print. Se você mantiver os botões pressionados, a opção Print irá mudar para Bonus. Você terá acesso a 16 adesivos "wallpaper".

Obter a técnica Amnesia de Psyduck:
Você tem que ter todos os 151 Pokémons no Hall of Fame. Sempre que você vencer um torneio (ou Gym Leader Castle), seus Pokémons são inseridos no Hall of Fame. Conseguindo isso, você é premiado com um Psyduck bônus que sabe a técnica Amnesia.

Obter Surfing Pikachu:
Você precisa primeiro destravar o modo R-2 e então fazer o seguinte:
Entre na R-2 Prime Cup's Master Ball Division (você tem que vencer as primeiras três divisões).
Junte um time que contenha um Pikachu que não sabe Surf ainda. Você tem que usar um Pikachu de seu Game Boy. Surfing Pikachu só pode ser destravado usando um Pokémon próprio.
Não registre seu time! Escolha diretamente de seu cartucho de Game Boy.
Você tem que vencer a Prime Cup's Master Ball Division usando um time que sempre contenha Pikachu. Pikachu tem que estar em cada uma das oito batalhas.
Você não pode usar continues. Se o fizer, não obterá Surfing Pikachu.
Cumprida as condições e vencendo a cup, é mostrada uma tela com Pikachu em uma prancha. Então, Pikachu pode usar a técnica Surf em batalhas e durante o jogo (apenas versões Game Boy). Se você tiver Pokémon Yellow, poderá acessar também o mini game secreto Surfing Pikachu. Simplesmente vá para a pequena cabana da praia ao norte da Rota 19.

Nova tela título:
Vença os modos Gym Leader Castle e Stadium para mudar a tela título. O novo título mostra Pikachu, Blastoise, Charizard, Venusaur e Mewtwo.

Abrir o modo R-2:
Para obter o modo secreto R-2 Mode (como também uma nova tela título) derrote Mewtwo após vencer os modos Stadium e Gym Leader Castle. Você irá ver uma seqüência de créditos final, que abre o modo R-2 mais difícil e as novas batalhas. Você pode alternar entre R-2 e Regular na tela start-up pressionando C direito.

Obtenha Mew:
Mew se tornará jogável, como um "Rental" Pokémon, na versão Round 2 do game. Só dá para jogar com ele nos modos Prime Cup tournament, Gym Leader Castle, Free Battle e Mewtwo Battle.

Pokémon bônus:
Cada vez que você vence Gym Leader Castle (incluindo o Final Four e seu rival), você recebe um dos oito semi-raros Pokémons. Esses Pokémons são ganhos aleatoriamente, assim é provável que você tenha que vencer o Gym Leader Castle novamente para conseguir o que você quer. Uma vez que você vença o Castle, só precisa derrotar o Final Four e seu rival novamente se você quiser ganhar mais Pokémons.
Aqui estão os Pokémons que você pode ganhar:
#1 Bulbasaur
#4 Charmander
#7 Squirtle
#106 Hitmonlee
#107 Hitmonchan
#133 Eevee
#138 Omanyte
#140 Kabuto