La prima parte di questo doppio episodio rappresentò il culmine della stupenda terza serie, almeno in America, dove la seconda parte andò in onda a distanza di mesi, e gli spettatori americani saranno restati col fiato sospeso durante l'estate ( qui vedemmo "Masterplan" come file 6). Per cui forse per loro la conclusione sarà sembrata molto più deludente che da noi, più che altro per il fatto che in essa non trovarono risposta le parecchie questioni sollevate dallo strano quanto mozzafiato episodio precedente.

"Masterplan" è un doppio episodio molto complesso, sia per i temi sia peri i riferimenti: Talitha Cumi, ad esempio, in Aramaico vorrebbe dire alzati fanciulla, o qualcosa del genere, chiaro riferimento biblico, mentre "Herrenvolk" in tedesco è "popolo di uomini"; inoltre tutta la scena del dialogo tra Jeremiah Smith (personaggio "ascetico" nelle intenzioni di Carter) e SM è un omaggio al libro "I Fratelli Karamazov" ( nel quale Dio ritorna sulla Terra durante l'inquisizione spagnola e guarisce una fanciulla, ma un inquisitore afferma che non è più il benvenuto sulla Terra, giustificando la schiavitù col fatto che il popolo non sa gestire la libertà. Le parole di SM saranno analoghe).
Il dialogo è su basi ideologiche, si parla del solito progetto, che JS pare aver messo in pericolo, ma l'uomo riesce comunque a mettere in difficoltà il grande burattinaio, facendo in qualche modo emergere la sua "cattiva coscienza" mediante Deep Throat e Bill Mulder, forse perché anche loro in disaccordo col progetto e magari per questo fatti eliminare.
È da queste scene, da questi dialoghi particolari, che possiamo ricavare delle informazioni, ad esmpio si lascia intendere alla "colonnizzazione" della Terra, ad un nuovo e inaspettato rapporto tra SM e Mrs Mulder, compaiono le strane api... elementi di grande suggestione, sì, ma vengono gettate troppe domande rispetto alle questioni cui viene data una risposta. Questo porta ad alcune incongruenze: JS ha caratteristiche troppo simili ai "Gregor", alle "Samantha" e al "Cacciatore di taglie", già poco inquadrabili in una serie con caratteristiche così realistiche, però lo vediamo scomparire nel nulla dalla sua cella. E come fa? Forse è un tipo di ibrido/clone superiore? Il caccciatore di taglie alieno, poi, non muore con la classica stilettata, che egli abbia caratteristiche ancora diverse? Altra questione poi per il vaiolo, che qui ritorna e sembra avere caratteristiche classificatorie, già intuite peraltro, ma a cui comunque non viene data risposta, e anzi si ingarbugliano le cose. E per finire, resta l'ambiguo intreccio tra api, arbusti e bambini (tra cui una piccola Samantha !) che coltivano la piantagione.

Alla fine anche il secondo informatore perde la vita, in una tra le più suggestive scene; si intuisce che viene eliminato per il suo doppio gioco, ma si nota anche come l'anziano e SM "collaborino e non collaborino". Chi accorre in aiuto di Fox nel finale è Marita Covarrubias, sarà lei la nuova informatrice?

In conclusione, questo è un suggestivo arco mitologico, comprendente due grandi episodi, non al livello però di "Anasazi-The Blessing Way-Paper Clip", primo vero "inizio" e , se vogliamo, più esplicatorio e più mozzafiato.

Ritorno del simpatico Max Fenig, che qui però fa una brutta fine! Lo stesso vale per un altro simpatico personaggio, l'agente Pendrell. In questo doppio episodio, una volta tanto lontano da strani alieni senza volto o olii neri, si comincia alla grande con UFO ed effetti speciali, e si continua in modo parecchio avvincente, riprendendo il tema della tecnologia aliena sulla Terra. Peccato che alla fine i nostri restino punto da capo, in perfetto stile X-Files.

Episodio ricco di riferimenti al passato: si concretizza il patto tra SM e Skinner, a cui si accennava in Memento Mori, ritorna Marita Covarrubias, e si scopre che anche lei conosce SM, caratteristica comune anche agli altri informatori... che essi abbiano sempre svolto una sorta di "doppio gioco"? Così è sempre parso, e due infatti hanno perso la vita, ma qui la Covarrubias avvisa proprio il "boss", e la frase sibillina alla fine della puntata ("digli quello che vuole sentirsi dire") potrebbe significare altro, preludio magari alla tematica dello sconvolgente season finale. Ritornano le api di "Master Plan", che hanno ancora a che fare col vaiolo (elemento emerso dalla terza serie in poi, senza un senso ben preciso oltre che una possibile "classificazione"), ma qui c'è di più: la "sperimentazione" accennata dai membri del sindacato sembra spiegare che le api sono usate per diffondere il vaiolo. Si può poi tener conto che è solo una sperimentazione...

A dispetto di quanto sembrerebbe all'inizio, questo episodio finisce col trattare, sebbene in modo molto "evanescente", l'argomento più spinoso della mitologia, cioè i rapporti tra Bill Mulder, la consorte, SM e la sparizione di Samantha. offrendo spunti accumulati durante i precedenti episodi. Non ne viene fuori un quadro chiaro, ma comunque si comprende che la soluzione sembra essere proprio lì.