- クチバ東の小屋の右に落とし物のアイテムがあるが、ここでのダウジングの鳴り方が正確ではない。
- セキチク東のくいの迷路みたいなところのダウジング（おとくな掲示板でない方）も、ダウジングの鳴り方が正確ではない。
- 初期版（もしくは赤、緑版、どちらかは未確認）ではダウジングマシンのミス（なるべき場所で鳴らない、ならないべき場所で鳴る）がいくつかある。
- ロケット団アジトの地下３階に、落とし物アイテムとして「金の玉」があるが、まったく反応しない。
- ハナダの洞窟地下１階のハイパーボールは存在するが、反応はしない。
- ロケット団アジトの地下３階で、下に降りる階段付近の、ロッカーみたいなものが６個並んでいる場所で、ダウジングマシンを使うと、音が鳴る。詳しい場所を突き止めると、一番右下のロッカーになるが、調べても何もない。ちなみに先の「金の玉」を取った後も反応する。
- セキチクから凄い釣り竿の釣りおやじの家に向かう途中、垣根の迷路みたいなところがあるが、そこを抜けたところの草むらの右の方でダウジングマシンを使うと、反応する。詳しい位置はそこにある木になるが、調べても何もない。
- ロケット団アジトの地下３階に、落とし物アイテムとして「金の玉」があるが、まったく反応しない。
- 「トライアタック」には３割で麻痺の追加効果となっているようだが（技マシンをくれる女の子のセリフ）、この追加効果はまったくない。
- 「岩なだれ」には３割で相手に攻撃させない追加効果となっているが、この効果はまったくない。
- 「カウンター」は物理攻撃に対して有効とあるが、物理の中でも「ノーマル」と「格闘」に対してしか効かない。
- 「風起こし」のタイプは飛行とあるが、ノーマルである。
- 「サイコウェーブ」は初期の攻略本では、自分のレベル＊1〜1.5のランダムダメージとなっているが、正しくは1〜自分のレベル＊1.5のランダムダメージ。
- 「穴を掘る」の威力は60となっているが、実は100。
- 「翼で打つ」の威力は60となっているが、実は35。
- 「自爆」の威力は200となっているが、実は130。
- 「大爆発」の威力は250となっているが、実は170。
- 「スピードスター」は必ず当たるとなっているが、ただの命中率100％攻撃に過ぎず、外れることもある。
- 即死攻撃（「ハサミギロチンなど）の命中率は初期の攻略本には載っていないが、30％である。ただし、戦闘中のパラメーターで、自分の素早さ-相手の素早さ＜０のときは「全然効いてない」となってしまう。
- 相手の能力値を下げる追加効果のある攻撃（泡など）は１割となっているが、統計を取っみるとどうも２割っぽい。
- 公式ガイドでは、「スモッグ」は相手に毒を与えるとなっているが、正しくはこの技は直接攻撃で、威力20、命中率70、毒追加効果４割である。
- ワタルの部屋とカンナの部屋のポケモンの像は「波乗り」ができる。
- 「エフェクトガード」は特殊攻撃を防ぐという「光の壁」っぽい効果ですが、実際は相手から能力を下げる攻撃を受けなくする「白い霧」の効果。
- 学習装置に個数表示があるのはおかしい。複数持っていても特に変わらないし。
- ゴーストはエスパーに対して抜群となっているが、効果がなく、またゴーストに対して普通となっているが、抜群である。
- 属性の相性で、虫は毒に対して普通となっているが、実は抜群。
- 氷は炎に対していまいちとなっているが、普通に効く。
- 氷は岩に対して抜群となっているが、普通。
- 炎は氷に対していまいちとなっているが、抜群。
- 水は電気に対していまいちとなっているが、普通に効く。
- ポリゴンは、LV28：「固くなる」となっているが、正しくはLV28:「自己再生」。
- ルージュラは、LV15：「歌う」＞LV17：「舌でなめる」、LV39：「ヨガのポーズ」＞LV39：「のしかかり」、LV47：「吹雪」＞LV47：「暴れる」。それからLV58：「吹雪」が追加。
- ガラガラの初期技に「気合だめ」を追加。
- サンダースの初期技に「電光石火」、「電気ショック」を追加。
- シャワーズの初期技に「電光石火」、「水鉄砲」を追加。
- ブースターの初期技に「電光石火」、「火の粉」を追加。
- ギャラドスの初期技に「竜の怒り」、「睨み付ける」、「ハイドロポンプ」を追加。
- ジュゴンの初期技に「オーロラビーム」を追加。
- スピアーの初期技に「乱れ突き」を追加。
- ニドキングの初期技に「暴れる」を追加。
- ニドクインの初期技に「のしかかり」を追加。
- ニョロゾの初期技に「催眠術」、「水鉄砲」を追加。
- ニョロボンの初期技に「催眠術」、「水鉄砲」を追加。
- バタフリーの初期技に「念力」を追加。
- フーディンの初期技に「念力」、「金縛り」を追加。
- ペルシアンの初期技に「嫌な音」を追加。
- ミュウツーの初期技に「サイコキネシス」を追加。
- ユンゲラーの初期技に「念力」、「金縛り」を追加。
- カイロスの使える技マシンに秘04を追加。
- ビリリダマの使える技マシンに技20を追加。
- マルマインの使える技マシンに技20を追加。
- ミュウツーの使える技マシンに技16を追加。
- モルフォンの使える技マシンの技05は技04。
- 普通は有り得ないが、メタモン以外の変身した野生ポケモンを捕まえるとメタモンを捕まえたことになってしまう。
- 変身後にピーピーマックス等を使うと、変身前の技に対応するように回復してしまう。
- 変身中に技の位置交換を行うと、通常の技の位置交換となる。変身前に技が３個以下の場合、変身後の４番目（自分の通常持っている技の個数以上の場所にある技）とどれかを交換すると、その場所に技がないという意味のバーが来てしまい、その下の技は消えたことになってしまう。１番目と位置交換すると、技が０個という状態になってしまい、技を使おうとするとハングする。
- トレーナー戦で、変身使用時にレベルアップし、それで技を覚えると、そのトレーナー戦の以後の戦闘は、変身したまま、技は元の技という状態になってしまう。
- 変身時に黒い霧を使用すると、最大PP値のみが、元の技に対応した値に戻る。
- 変身後や、最大PP値を増やしたことがあるポケモンが戦闘中にPP値がすべてつきてしまうと、何もできなくなる。このとき、交代や道具の使用ができないと（仲間がいない、戦闘中に使える道具がない）完全に進行不能になる。野生のポケモン戦のときは逃げるを選択すればOKだが、トレーナー戦ではできないのではまってしまう。さらにポケモンリーグエリアでセーブした後、この状態になってしまうと、このエリアから抜けられないので完全にはまってしまう。
- 図鑑をもらう前にポケモンをゲットしてしまうと、図鑑がもらえなくなり、トキワから先に進めなくなる。
これは改造のみかと思っていましたが、ポケモン大好きクラブの裏技のページにかわべっち２号さんという方が投稿されていました。
最初にもらったポケモンを図鑑をもらう前にひたすら育てて進化させれば、ポケモンをゲットしたことになり、改造なしでも起こり得ます。 - 同じくポケモン大好きクラブの裏技ページに、伏毛さんという方とちなっちさんという方が投稿されていたものです。
自分の手元に６匹ポケモンを連れ、さらに今カーソルの合わさっているボックスにポケモンを30匹預けた状態で、トキワのおじいさんに捕獲の仕方を教えてもらおうとすると、おじいさんはモンスターボールを投げようとしますが、ボックスがいっぱいなのでモンスターボールは使えないとなり、この部分を永久に繰り返します。こうなったらリセットするしかなくなります。 - ニフティで話題になったというハマリ技です。タマムシ、グレン、イワヤマトンネルのポケモンセンターで、歩いている人間を誘導して左上端近くまで持っていき、自分は画面左上端（ソファの上）に行き、その歩いている人間が自分の右隣に来るのを待ち、彼が来ると、自分はソファとその人間に挟まれ脱出不能になります。またこの状態でセーブしてしまうと完全にはまります。
- ゲームを最初から始めるとニドリーノが出てくるが、そのときの鳴声はニドリーナのものがする。
HIWASA, Kouichi(C)1997
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