Los redactores de las crónicas nos cuentan que no fue fácil la conquista de Málaga por las tropas castellanas, Su estratégica situación y la solidez de sus fortalezas permitieron una defensaa ultranza, que se debilitó con la lucha por el trono de Granada entre Boabdil, el rey Chico, y su padre, al que los malagueños conocen por Mulay Hacen, que se refugío en Málaga acogido por su hermano Mamad ben Said, el casi mítico guerrero El Zagal, vencedor de las tropas cristianas en los montes malagueños en 1483. El asedio de Málaga fue sangriento. La valentía de los defensores no les valió el favor caballeresco común de la época. Fernando el Católico se mostró intransigente y rechazó los intentos de negociación del mercader Alí Durdux. El rey Castellano negó cualquier acuerdo y decidió infligir a los malagueños un fuerte castigo que pudiera servir de ejemplo a las ciudades aún a las ciudades aún no sometidas. Málaga se rinde sin condiciones el 18 de agosto de 1487. los supervivientes fueron expulsados de sus posesiones y los más, vendidos como esclavos. Sólo Alí Durdux y su familia lograron salvarse, permitiéndoseles vivir cómo mudéjares en la morería.

    Los mudéjares se acogen a las capitulaciones y muchos de ellos se cristianizan para no perder sus propiedades, pero los acuerdos, según Caro Baroja, son como papel mojado y la presión que se ejerce sobre ellos aumenta considerablemente hasta el punto de Suponer una violación de lo acordado. A ello se une el deterioro de la convivencia y la desconfianza hacia los conversos.

   En esta situación se produce la llamada Rebelión del Almirantazgo, en la que Málaga se enfrentó al cardenal Cisneros en 1516. La revuelta se extinguió pacíficamente gracias a la intervención del rey Carlos 1 y del Tribunal de Granada que dio la razón a los malagueños.

   Relatan las crónicas que la situación se hacía insostenible para los moriscos que se sublevaron en las Alpujarras en 1568. Esta rebelión, que apenas tuvo repercusión en Málaga al principio, se extendió a la provincia poco después, teniendo un trágico final en el Peñón de Frigiliana con la muerte de más de dos mil moriscos, entre ellos mujeres y niños (ver fascículo dedicado a Frigiliana) y la esclavitud y expulsión de los que sobrevivieron.

     El vacio dejado por los expulsados fue cubierto con cristianos procedentes de diversos puntos del país, especialmente de Andalucía y Extremadura. De las cinco a seis mil familias llegadas para repoblar la que después será provincia de Málaga desde 1485 a 1498, dos mil se instalaron en la capital. En las zonas del litoral se establecieron pescadores y mercaderes portugueses y valencianos. Pero la repoblación no se limita a la ocupación de las propiedades abandonadas por los expulsados, sino a la puesta en marcha de unos mecanismos de gobierno y sistemas administrativos que adaptasen la vida de la nueva comunidad a las exigencias de los vencedores comprendida, lógicamente, la cristianización de la ciudad.

   Como apunta Rosario Camacho, el Obispado malagueño fue una restauración del que se suponía que había existido antes de la invasión musulmana, integrándose en él territorios que en el momento pertenecían al Arzobispado de Sevilla.