ศูนย์กิจกรรมอิสรชนดำเนินกิจกรรมในโครงการหลักทั้งสิ้น 4 โครงการคือ
    

1.โครงการเพื่อพัฒนาทักษะชีวิตผู้ด้อยโอกาสและไร้ที่พึ่ง  ซึ่งถือเป็นโครงการหลักของศูนย์กิจกรรมอิสรชนโดยโครงการนี้ ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี 2543 ได้รับการสนับสนุน งบประมาณจากธนาคารโลกประจำประเทศไทย เน้นการทำงานกับกลุ่มเป้าหมายคือ เด็กและบุคคลเร่ร่อนในที่สาธารณะ และบุคคลด้อยโอกาสในชุมชนแออัด ในเขตกรุงเทพมหานคร

2.โครงการเพื่อนช่วยเพื่อนเตือนภัยยาเสพติด  เป็นโครงการที่ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี 2544 ได้รับการสนับสนุนจากสำนักงานคณะ กรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด เน้นการทำงานกับกลุ่มเป้าหมายคือ เด็กเร่ร่อน ที่เร่ร่อนอยู่ตามที่สาธารณะทั่วไป และเด็ก เยาวชน ในชุมชนแออัดในเขตกรุงเทพมหานคร

3.โครงการละครหุ่นสัญจร : สร้างสานเสริมสุข  เริ่มโครงการในปี 2545 ได้รับการสนับสนุนงบประมาณจากสำนักงานกองทุน สนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) น้นการทำงานกับเด็กในโรงเรียนสังกัดกรุงเทพมหานคร และเด็กเร่ร่อน ให้ความรู้เรื่อง ยาเสพติดผ่านกิจกรรมละครหุ่น

นอกจากนี้ ศูนย์กิจกรรมอิสรชน ยังมีภาระกิจรองที่ดำเนินการอยู่ใน 2 ลักษณะ คือ

1.งานสนับสนุนและพัฒนาศักยภาพองค์กร ศูนย์กิจกรรมอิสรชน ยังสนับสนุนการสร้างเสริมและพัฒนาศักยภาพของ บุคคลากรในองค์กรภาคสังคมต่างๆใน เรื่องของ สุขภาพ ยาเสพติดและ ทักษะอื่นๆ ที่จะสามารถนำไปใช้ในการทำงานปกติได้

2.งานฝึกอบรมและออกแบบการฝึกอบรม  ศูนย์กิจกรรมอิสรชน รับวางรูปแบบการฝึกอบรมในเรื่องอื่นๆ ตามเป้าหมายและ วัตถุประสงค์ขององค์กร หรือหน่วยงานนั้นๆ มีความต้องการเป็นการเฉพาะ โดยรับวางรูปแบบและออกแบบ หลักสูตรการฝึกอบรม