Con la mitad de las canciones escritas en piano, y la otra mitad en guitarra "Mellon Collie and The Infinite Sadness" termino siendo una obra de 28 tracks, con un evidente aroma formado por la mezcla de estilos desde las bellisimas y romanticas notas de "Beautiful" (que al parecer Corgan percibio en un sueño), al aceleradisimo "Tale Of A Scorched Earth", el álbum era intrigante, Billy abandono las pirotecnias de la guitarra, y llenó de hipnótica sensibilidad el ambiente, como en "1979", experimento con delicados arreglos como en "Farewell and Goodnight" co-escrita con James. De hecho es un trabajo muy alejado a lo antes hecho por los Pumpkins, donde Corgan cede de buena forma, su monopolio creativo, "Quiero que James cante sus propias cosas y tambien que D´arcy cante. Aún sera mi vision pero con ambientes creados de distintas maneras".Editado en noviembre de 1995, en "Mellon Collie", Corgan demostro ser tan astuto como siempre y el album -producido por Corgan, Diluvio y Alan Moulder- se volvio el mas existoso y ha vendido más de diez mil copias a la fecha.

Junto a este proceso tambien aparecieron las inevitables presiones, eso y la tragedia de la muerte de Melvoiny el disgusto por el despido de Chamberlin fueron quizas el pago inevitable de tanto exito.

El incidente ocurrio en las primeras horas del 12 de julio de 1996, cuando el grupo estaba en Nueva York para tocar el primero de dos conciertos en el Madison Square Garden, en escena estaban los Rolling Stones, the Who y Prince. Melvoin fatalmente consumio una letal combinación de alcohol con una forma pura de heroína conocida como ron Rojo en un cuarto de hotel en Manhatan. Chamberlin, que estaba en el lugar, fue acusado de posesión ilegal de una sustancia controlada (una jeringa con rastros de la droga se encontro en el cuarto), y fue internado en una clinica especial. Dos meses mas tarde Bernadtte O´Brien, de 17 años, es aplastada por una muchedumbre salvaje en un concierto en Dublin euforico.Tiempos terribles para el grupo y Billy Corgan reconsidera el trabajo de los Pumpkins. Inicialmente no ve otra opción y decide esperar a Chamberlin, pero a la mañana siguiente se decide por algo más duro y difícil, pero finalmente más beneficioso para su adorado grupo.Telefoneó al manager y le dió esta instrucción "corre a Chamberlin"."La onda de la droga tal vez suene romantica en el rock, pero básicamente es una experiencia desastrosa para una banda. Es un elemento égoista y debiamos de estar alrededor de él todo el tiempo ¿que queria? ¿que lo encerraramos en su cuarto todas las noches?, dijo Corgan.

El 27 de agosto la gira reinició en Las Vegas, con un baterista de reemplazo Matt Walker (ex-Filter) y el tecladista Dennis Flemming(the Frogs). en septiembre, regresaron a Nueva York a tocar en el Madison Square Garden fechas reprogramadas. Esta vez los ritmos no estaban tan seguros y la confianza en general de grupo resultó algo lesionada.Pero por lo menos regresaron a los escenarios y 18 meses despues se consolidan nuevamente sin necesitar a Chamberlin y listos para estrenar su album de 1998. Despues del fresco minialbum "Zero", que incluye un popurri de rolas de Corgan inéditas y su participación de el film de Batman "The End is the Beginning Is The End" (Teitbite), el futuro parece luminoso.

En octubre las noticias decían que Billy había formado un grupo-tributo a Gary Numan, "The Replicants" aunque en ese mismo mes el grupo, fue demandado por la muerte de Melvoin.