Volviendo ahora a la administración eclesiástica, encontramos en ella los verdaderos órganos vitales del sistema de gobierno en Filipinas. 

Clero secular y clero regular

Parecería a un observador moderno, como le pareció al científico francés Le Gentil, que las islas estaban ‘apestadas’ de clero. Y sin embrago España pudo mantener su autoridad sólo por la intermediación de los frailes. (72) Sus esfuerzos hicieron, circunscribiendo los efectos, que un servicio civil corrupto y un sistema comercial inútil y decrépito resultaran relativamente inofensivos. El continuo y paternal interés del clero hizo más que equilibrar el peso tributario. (73) Supervisaron el cultivo de la tierra lo mismo que la vida religiosa de la gente y administraron los trabajos de educación y beneficiencia. (74)

La cabeza del sistema eclesiástico era el Arzobispo de Manila que en cierto sentido era el Patriarca de la Indias. (75) Los otros altos dignitarios eclesiásticos eran los tres obispos de Cebú, de Segovia en Cagayán y de Cáceres en Camarines; y los provinciales de las cuatro grandes órdenes religiosas, Dominicos, Agustinos, Franciscanos, Agustinos descalzos y de los Jesuitas. (76) Al principio el clero regular (los miembros de las órdenes) contaba con muchos más efectivos que el secular y reusó reconocer que estaba sujeto a visitas del obispo o del arzobispo, posición que dio lugar a veces a enfrentamientos violentos. La proporción en el número de seculares creció durante los siglos XVIII y XIX. En 1750 el número total de parroquias era de 569 de las que 142, con 147.269 personas, estaban bajo el clero secular. Los números a cargo de las órdenes eran como como sigue a continuación:
 

en total  569 parroquias con 904.116 almas.(77) Estas cifras sin embargo no dan una idea correcta de la preponderancia enorme de las órdenes religiosas porque los sacerdotes seculares eran casi todos indios y no podian ejercer cosa que se pareciera a la influencia que tenían los frailes sobre sus curatos. (78)

Los frailes ejercían dominio sobre estos cientos de pueblos con el despotismo suave del pastor sobre su rebaño. Los oficiales españoles entraban en ellos sólo ocasionalmente, los soldados sólo para apagar desórdenes. No se permitía a los españoles vivir en estas comunidades y se vigilaba estrechamente a los visitantes. (79) Como apenas se hablaba español en las provincias, el cura era el intermediario natural en todas las comunicaciones entre nativos y oficiales o forasteros. En algunas provincias no había más blancos que el alcalde mayor y los frailes.

Sin soldados, el alcalde mayor dependía por necesidad de la influencia de los frailes para descargar sus obligaciones de gobernador provincial. Tomás de Comyn se entusiasma al observar sus servicios a la civilización y al buen orden cuando escribe:

“Visitemos las Islas Filipinas y observaremos con asombro grandes espacios salpicados de templos y conventos espaciosos, los servicios divinos celebrados con pompa y esplendor; regularidad en las calles e incluso lujo en casas y vestidos; escuelas en todos los pueblos donde se enseñan los primeros rudimentos y la población bien versada en el arte de escribir. Veremos allí caminos elevados, puentes construídos con buena arquitectura y en resumen, toda medida de buen gobierno y política llevados a efecto en la mayor parte del país; y todo ello se debe a los esfuerzos, labor apostólica y patriotismo puro de de los ministros de la religión. Viajemos por las provincias y veremos poblados de 5, 10 y 20.000 indios gobernados pacíficamente por un débil anciano que, con sus puertas abiertas a todas horas, duerme tranquilo y seguro en su casa sin ninguna otra magia ni guardia que el amor y el respeto con que haya sabido inspirar a su rebaño." (80)

Volviendo por un momento a la organización eclesiástica superior, las funciones judiciales de la iglesia se ejercían por el tribunal arzobispal y el comisario de la Inquisición. Constituído por el arzobispo, el vicario general y un notario, el tribunal episcopal entendía en casos de derecho canónico como los relativos al matrimonio y todos los casos referentes al clero. También podía juzgar casos de idolatría en indios o chinos. (85)

Para conservar la verdadera fe, la Santa Inquisición transplantada de Nueva España en 1569 alcanzaba con su largo brazo a través del gran oceano a Filipinas por medio de un comisario. Indios y chinos estaban eximidos de su jurisdicción. Sus procesos tenían muchos requisitos y debieron ofrecer a una proporción considerable de sus acusados la oportunidad de morir de muerte natural. El comisario debía primero informar de la ofensa al tribunal de Nueva España; el acusado debía ser trasladado a Méjico y si se establecía la culpa había que devolverlo a Filipinas a recibir sentencia. (86)