EL primitivo monasterio de benedictinos de San Salvador fue fundado por el rey Bermudo II, en el año 990, en una lugar de recreo, que poseía su padre, Ordoño III rey de León.

La causa fundamental de la fundación del Monasterio guarda relación con las invasiones de las tropas musulmanas, dirigidas por Almanzor que ocupaba todo el Noroeste español, obligando al abandono de las tierras castellanas y leonesas por monjes y otras gentes hacia El Bierzo y sus montañas.

Numerosos monjes encontraron refugio y ayuda en el rey Bermudo, que les facilitó  su villa a las orillas del río Cúa.

En el año 997, la invasión musulmana dirigida por Almanzor llegó al Bierzo, camino de Galicia, y destruyó el Monasterio de Carracedo casi en su totalidad.

En 999, falleció Berbudo II dejando sus rentas para el monasterio de San Salvador, que debería cumplir una doble función: ser asilo para los monjes que huían de las incursiones musulmanas, servir de Palacio Real y panteón donde descansasen sus restos (esto no se cumplió). Pese a todo, a Carracedo se le conoce como; el primer sitio Real de España.

Los primeros años del siglo XI, son difíciles debido a las catástrofes provocadas por Almanzor. El Monasterio creció poco en este tiempo y se tienen muy pocas noticias, cerrándose así la primera etapa de la Historia  del Monasterio de Carracedo cuya fundación se produjo bajo la orden benedictina de San Salvador.

La segunda etapa se inicia con Alfonso VII, con ayuda de Doña como los refundadores de Carracedo.

Alfonso VII el Emperador y el abad Florencio están representados por dos estatuas-columnas románicas que encuadran un tímpano semicircular centrado por un Pantocrátor, inscrito en una mandorla y rodeado por los símbolos del  Tetramorfos. Dichas estatuas están a la izquierda de la portada septentrional de la iglesia actual .

La gran impulsora del Palacio-Monasterio será la hermana del Emperador, la Infanta Doña Sancha, gracias a ella Carracedo comienza a crecer, iniciándose la reconstrucción que se lleva a cabo en el siglo XII; eran años de renovación en que se venía abriendo camino la Orden del Císter.

La Infanta Doña Sancha, pasaba grandes temporadas en el Bierzo, en sus propiedades de Villabuena, cerca de Carracedo. La documentación de la época señala a la Infanta, como gobernadora del Bierzo.

En el año 1138 el rey Alfonso VII y su hermana extendieron sendos documentos por los que se concedían amplios privilegios al monasterio, esto no fue más que el comienzo de sucesivos apoyos que en forma de donaciones, protección y otras mercedes irá recibiendo de los monarcas de León y Castilla (Fernando II, Alfonso IX, Fernando III).

También nobles y particulares comenzaron a apoyar y favorecer  con múltiples donaciones al monasterio que vio crecer su poder económico. Carracedo se convirtió en centro y cabeza de una ampliación congregación monástica, fue casa-madre de una serie de filiales más pequeñas, agrupando en torno a sí diversos monasterios.

Poseía además el monasterio de Carracedo más de una treintena de granjas, cuyo aprovechamiento se encomendaba a miembros de la comunidad. El modelo económico establecido por las comunidades cistercienses era diferente al de las cluniacienses, pues su gestión económica se fundamentaba en la explotación directa de la tierra, dando nuevo impulso al trabajo manual. 

El sistema de granjas es cisterciense, donde la abadía es el centro de explotación con sus huertas, palomares, granjas, viñas, actividades molinarias para la transformación de cereales en harina e incluso de una siderurgia hidráulica gracias a los molinos de hierro.

La incorporación definitiva de Carracedo al Císter, se considera en el año 1203. La Orden del Císter mudó el hábito negro en blanco y el monasterio pasó a llamarse de Santa María.

El monasterio de Carracedo, se convirtió en el  mayor propietario de tierra y en el más representativo de todo el Bierzo.

En el siglo XVI, se introducen importantes cambios, el monasterio berciano se adhiere  a la Congregación de Castilla de la Orden del Císter, que había surgido por la necesidad de renovar la mala experiencia y el mal ejemplo que había protagonizado los abades comendatarios.

Santa María de Carracedo recobra nuevo empuje y se convierte una de las abadías más significativas en la nueva reforma, permaneciendo unida a la misma hasta 1835 en que fueron disueltas todas las comunidades a consecuencia de la Ley de Desamortización  que decreta el gobierno de Mendizábal.

La mayor parte del edificio pasó a manos privadas lo cual contribuyó, al consiguiente  progresivo deterioro y desaparición de las distintas dependencias del monasterio.

En 1929 fue declarado Monumento Nacional y en 1988 fue restaurado.