La grippe deuxième partie

Les virus de la grippe appartiennent à la famille des orthomyxovirus, il en existe trois types, désignés influenza A, B et C (deux autres membres de la famille, les virus Dhori et Thorgoto, sont portés par les tiques et sont rarement rencontrés). Les virus influenza A (qui incluent les virus aviaires ou des oiseaux) est la cause de graves maladies chez les humains, bien que l’influenza B cause également des épidémies. Il y a actuellement ( hiver 2005 dans l’hémisphère sud) une épidémie sévère d’influenza B en Nouvelle- Zélande.

Les désignations A, B et C se rapportaient à l’origine aux classes des anticorps répondant aux virus, elles sont maintenant également reliées aux différences génétiques existant sur les capsides ou les nucléoprotéines respectives des trois types de virus (voir La grippe – deuxième partie pour plus d’information au sujet de la composition du virus). L’étude des séquences génétiques de ces virus indique qu’à une certaine époque, ils ont eu un ancêtre commun. Le virus aviaire H5N1 appartient au type A.

Le type (A, B ou C) est la première partie importante du nom du virus. Ensuite vient le sous-type, qui désigne la classe générale des protéines de surface, l’hémoglobinurie (HA) et la neuraminidase (NA) qui percent l’enveloppe virale. Il y a seize sous-types d’hémaglutinine (nommés H1 à H16) et neuf de neuraminidase ( nommés N1 à N9). Toutes les combinaisons possibles de ces sous-types d’influenza A infectent les oiseaux, mais uniquement ceux contenant les protéines de surface H1, H3, H5, H7 et H9 et les N1, N2 et N7 peuvent infecter les humains. Et parmi ceux ci, jusqu’ici, seulement H1, H2, H3 et N1 et N2 le font réellement. Le sous-type H5 est considéré comme un candidat possible pour une nouvelle infection humaine à large échelle. Comme ce sous-type est nouveau pour le système immunitaire de la plupart des gens dans le monde, cela se produira sans doute sous une forme pandémique, c à d une vague d’infection qui se propagera autour du globe. La dénomination complète d’un virus de l’influenza A incluse donc à la fois the type et le sous-type (p.ex.: influenza A/H5N1 ou influenza A/H3N2 ; qui peut également s’écrire A(H3N2).

Cependant, une distinction plus fine est également nécessaire, car le virus de l’influenza mute facilement et parmi les sous-types, il peut y avoir des variants génétiques appelés « souches ». Lorsqu’un échantillon d ‘un virus est prélevé et mis en culture, on l’appelle un isolat. Le numéro de série de laboratoire, ou code de l’isolat (qui est arbitraire et spécifique à chaque laboratoire), l’animal duquel a été prélevé l’échantillon, l’endroit et l’année vont faire partie de la désignation de la souche. Donc pour nommer complètement un virus de l’influenza A, nous avons : A/origine géographique/numéro de l’isolat/année. Actuellement, le nom de l’espèce animale spécifique est également ajouté.

L’article de « Nature » du 6 juillet 2005 qui compare les virus H5N1 des oiseaux migrateurs morts dans le Qinghai en Chine à d’autres virus H5N1 venant d’ailleurs les dénomment ainsi : A/Bar-heade Gs/QH/12/05(H5N1). En d’autres mots, c’était un virus influenza de type A, pris sur une oie (goose) dans le Qinghai (QH), isolat numéro 12 du laboratoire, prélevé en 2005. Le séquençage de deux des dix protéines a indiqué que le virus était fortement relié à un autre virus H5N1, A/Chicken/Shantou/4231/2003. Il y a donc certaines variations dans la dénomination, comme dans ce cas, où l’année est donnée comme 2005 au lieu de 05, et H5N1 a été omis parce qu’il était clair dans le contexte de l’article qu’il s’agissait bien de ce sous-type.

Une désignation réduite est parfois utilisée quand il est clair que ce qui est signifié ou que certains des éléments n’ont pas d’importance ou alors quand l’usage historique les omet. Par exemple, les virus isolés par William Smith en 1933 qui était adapté à des tissus nerveux est généralement abrégé en WSN/33 ou WSN/33/(H1N1), pour William Smith (neurotropique) virus. Souvent, la première fois qu’une souche est mentionnée dans un article, on en donne la désignation complète, puis par après on en mentionne la forme abrégée. On peut en trouver un exemple dans un article de Kobasa et al. ou A/Memphis/8/88(H3N2) (c à d, influenza A, isolat numéro 8 de Memphis en 1988) est simplement référencé par après comme M88.

Finalement, le virus influenza A/H5N1, a reçu à cause de son importance particulière ses dernières années, un autre raffinement, son « génotype ». Le génotype d’un virus fait référence à sa séquence génétique spécifique ou, comme dans ce cas, à une large classe de séquence basée sur les différentes combinaisons de huit segments de gènes que contient la souche. En utilisant comme base les gènes H et N de l’isolat originel prélevé sur une oie en 1996 dans la province de Guandong dans le sud de la Chine (donc Goose/Guandong/1/96 ou lignage Gs/GD), différentes classes de génotypes basées sur les six autres gènes (internes) ont été nommées selon les combinaisons produites par réassortiment avec d’autres sous-types (voir La grippe – deuxième partie ?). En 2001, six types dus à des réassortiments étaient connus (les génotypes A, B, C, D, E et X₀), tous venant de la volaille. Au début de 2002, huit nouveaux génotypes furent découverts, appelés V, W, X₁, X₂, X₃, Y, Z et Z⁺, remplaçant les anciens génotypes (A-E) de Gs/Gd. A l’exception des génotypes X₀ - X₃, tous les nouveaux portaient une mutation sur une des protéines internes (NS) qui consistait en la perte de cinq acides aminés aux positions 80–84. En plus, tous les génotypes, à l ‘exception des B, W et Z⁺ avaient perdu vingt acides aminés sur la protéine NA (positions 49–68), comme chez le virus du Qinghai. Le Génotype Z avait perdu les vingt acides aminés, mais pas le Z⁺, donc le virus du Qinghai est nommé un virus à génotype Z. Le génotype Z est maintenant le génotype dominant en Indonésie, en Thaïlande, au Vietnam et dans le sud de la Chine.