In 1988 zette hij dan als 22-jarige toch de stap naar de profs in de ADR-ploeg van José De Cauwere. In samenspraak met zijn vader besloot Museeuw om twee jaar alles op het wielrennen te zetten. Werd het niets dan kon Johan nog altijd terecht als mecanicien in de garage van zijn vader waar hij vroeger reeds deeltijds een handje toestak. Zijn eerste profcontract bedroeg 650 000 fr bruto per jaar. Bij ADR werden o.a. Fons De Wolf, Frank Hoste en Eddy Planckaert zijn ploegmaats. In zijn eerste profjaar reed Museeuw onmiddellijk de Ronde van Frankrijk, iets wat hij zelf onontbeerlijk vond voor zijn ontwikkeling als renner. Met zijn snelle benen fungeerde hij er als gangmaker voor Eddy Planckaert die het moest afmaken in de spurt. Mede door Museeuw's werk won Planckaert dat jaar de groene trui.

Het tweede jaar bij ADR (1989) werd ex-Tourwinnaar Greg LeMond aangetrokken. Dat leverde de ploeg de overwinning op in de Ronde van Frankrijk. Aan die overwinning had Museeuw een belangrijke bijdrage geleverd. In een van de ritten werd LeMond in het defensief gedrongen door een ontsnapping van enkele naaste concurrenten voor de eindzege. Op dat moment was Museeuw zijn enige ploegmaat. Mede door het werk van Johan werd het tijdsverschil beperkt en de gele trui veilig gesteld. De Amerikaan won de Tour met 8” voorsprong op Laurent Fignon. Door Johan's inzet in die Tour beloofde LeMond aan Museeuw de deelname in 20 na-Tour criteriums die zeer lucratief zijn. Maar als puntje bij paaltje kwam, werd die belofte van tafel geveegd en was er van enige criteriums geen sprake. Iets wat Johan getroffen heeft en wat mogelijk ook een bewustwording bij zichzelf heeft teweeggebracht. Ploegmaten moeten ook beloond worden voor het werk dat zij voor de kopman leveren waarbij zij hun eigen kansen opofferen. Deze gedachte heeft Museeuw tijdens zijn carrière steeds in zijn achterhoofd gehouden. Hij respecteert al het werk van zijn ploegmaten en zal als daar de mogelijkheid is alles doen om ook hen aan een overwinning te helpen. Dat heeft hij al meermaals getoond. Ook hij kan zich neerleggen bij de ploegtactiek als een ploegmaat in een gunstigere winstpositie zit.

Na twee jaar ADR en vijf overwinningen stapte Museeuw over naar de Lotto-ploeg. Het is daar dat hij zich door zijn sterke spurt meer en meer manifesteert als afwerker en winnaar. Hij toont zich in de voorjaarsklassiekers en kan in de Tour van 1990 twee ritten winnen: de etappes naar Mont Saint Michel en de Champs Elysées, het summum voor de spurters. Naderhand wordt steeds maar duidelijker dat Museeuw meer is dan een spurtbom, getuige daarvan de overwinning in het Kampioenschap van Zürich 1991, zijn eerste wereldbekerwedstrijd. Overwinningen (E3-prijs Harelbeke) en talrijke ereplaatsen in Vlaamse semi-klassiekers toonden dat hij over een ideale motor beschikt voor de grote eendagswedstrijden of de voorjaarsklassiekers. In zijn derde jaar bij Lotto wordt hij voor het eerst Belgisch Kampioen. Hij is ontegensprekelijk de kopman bij Lotto. Het team was er op afgesteld om Museeuw in optimale omstandigheden naar de spurt te loodsen waarin Johan het dan moest afmaken. Dat jaar eindigt in mineur. Tijdens een training op het parcours van het WK in Benidorm in oktober komt Museeuw op nat, nieuw asfalt ten val. Op het eerste zicht een banale val. Toch blijkt het al snel veel erger. Op zijn dijbeen vormt zich een uitstulping en hij kan zijn tenen niet bewegen. Een niet zo geruststellende vaststelling. Museeuw wordt overgevlogen naar Antwerpen waar een breuk van de ferumhals (plaats waar dijbeen vastgehecht is aan bekken) wordt vastgesteld. Op de koop toe gaat ook zijn ploeg Lotto dwars liggen. Zij beschouwen dit als een arbeidsongeval en schroeven zijn loon terug naar een minimumloon. Meer zelfs, na enige tijd is er van een loon zelfs geen sprake meer. Een voorval waar Johan heel ontstemd over was. Hij was het die Lotto zovele successen had bezorgd en het laatste wat hij verwachtte was op die manier behandeld te worden. Na 31 overwinningen in drie jaar was het dus tijd om nieuwe lucht op te snuiven.