A poda das raízes é uma das características que irá atrofiar a árvore, é claro que juntamente a outras técnicas.
Dependendo da espécie pode-se podar até 50% do volume de raízes, mas normalmente de início poda-se pouco até a árvore se acustumar, a poda deve ser feita com cuidado e como mostra o desenho abaixo. Primeiro penteando-se as raízes (estilo clássico) e depois a poda das raízes.
As raízes a serem podadas são as que ficam embaixo e não dos lados, as raízes mais grossas não devem ser podadas, pois podem ser expostas, para por exemplo fazer um estilo Neagari. Mas caso a árvore não esteja entrando no vaso, devido ao grande volume de raízes muito vigorosas, poda-se uma parte dessas raízes.
As ferramentas devem estar bem afiadas (evitar "mastigar" as raízes) e limpas (para evitar infecções).
