Le lendemain de son ordination, François-Xavier Fafard se rend au Témiscamingue, à la mission Saint-Claude, située du côté de l'Ontario, où il arrive le 29 mars 1885, le dimanche des ramaux.
Dès son arrivée, le père Fafard se met à l'oeuvre. Il annonce la bonne nouvelle aux Amérindiens, se rend dans les chantiers afin de secourir spirituellement les ouvriers de la forêt. Il fallait plusieurs jours pour se déplacer d'un endroit à l'autre en ce temps-là. La raquette et le canot étaient les moyens habituels de transport.
En 1886, la mission Saint-Claude se déplace à l'endroit appelé aujourd'hui Ville-Marie qui se nommait au tout début la Baie-des-Pères. François-Xavier est en charge de la construction d'un église, d'un presbytère et d'un hôpital.
En 1888, il construit une petite chapelle à Tête-du-Lac, devenu plus tard Notre-Dame-du-Nord. Il joue aussi un rôle dans les débuts des paroisses de Lorrainville, Fabre, Guigues et Laverlochère.