בימי מלחמת העולם הראשונה הטורקים שיתפו פעולה עם הגרמנים במאמציהם לכבוש את מצרים. במסגרת המאמץ המלחמתי נבנתה מסילת הברזל שהובילה מדמשק לבאר-שבע ואת תחנת הרכבת של באר-שבע.

ב- 30 באוקטובר 1915 נחנכה תחנת הרכבת בנוכחותו של מפקד הצבא הטורקי ג'מאל פאשה ואנשי ממשל בכירים. הקו היה פעיל עד לכיבוש הבריטי.

בימי מלחמת השחרור שימש מבנה התחנה כמפקדה לצבא המצרי.

היום משמש הבניין כבית ספר ללימודי הסביבה.