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Quatre ans ont passé depuis que les huit Digisauveurs ont vaincu les forces du Mal qui tentaient de régner sur le Digimonde.

Maintenant, T.K. et Kari sont à la tête de trois nouveaux Digisauveurs ayant pour but de combattre la force noire qui met le Digimonde ainsi que le vrai monde en grand danger.

Les enfants mènent secrètement une double-vie : ils quittent le vrai monde chaque jour, après l'école pour entrer dans le Digimonde. Quand les cinq jeunes héros arrivent pour la première fois dans le Digimonde (ce qui n'est pas le cas, ni de Kari, ni de T.K.), Kari et T.K. retrouvent leurs Digimon respectifs tandis que les nouveaux Digisauveurs font connaissance avec leurs nouveaux amis Digimon.

Ensemble avec leurs Digimon, les enfants doivent découvrir le mystère que cache la nouvelle force qui menace le Digimonde et la stopper avant que cela ne soit trop tard.