Três anos se passam, após os digiescolhidos derrotarem a última grande ameaça do Digimundo, Apocalymon. Durante este tempo muita coisa mudou. As crianças cresceram, e seus destinos tomaram rumo. Joe está estudando cada vez mais para se tornar um médico. Matt parou de tocar gaita e montou uma banda de rock. Mimi, mais bonita e adulta, pintou o cabelo de rosa e foi para Nova York, mas ainda mantém contato com os digiescolhidos. Sora não mudou quase nada. Ainda segue batendo um bolão e agora dá suas raquetadas nas quadras de tênis. Izzy é um dos mais presentes na nova temporada. Como sempre com seu amigo inseparável, o computador, ele descobre muita coisa sobre o Digimundo. Tai é outro dos digiescolhidos que mais participam da nova temporada, ao lado dos novos digiescolhidos. Tai está sempre ao lado da nova garotada para ajudar no que for preciso. T.K. e Kari são os únicos que permanecem como digiescolhidos na nova temporada. T.K. está mais velho e é um craque em basquete. Kari está uma gatinha e fará com que Davis e T.K. se escabelarem por sua causa.
     O caos domina a dimensão digital e as crianças precisam novamente ajudar os amigos do Digimundo. Davis, Yolei, Cody, T.K. e Kari têm a função de resolver o problema chamado Kaizer, um garoto dono do digivice negro que controla os digimons com o Anel Negro. Agora o tempo do Digimundo é real, ao contrário da primeira temporada, ou seja, os digiescolhidos devem ir ao Digimundo corrigir os erros, voltar ir para a escola e depois para casa.
     Kaizer é o novo inimigo dos digiescolhidos. A palavra kaiser era a designação dada aos imperadores alemães do século XIX. Assim que Kaiser vai ao Digimundo, ele se autodenomina Imperador Digimon. Kaiser percebe que pode controlar os digimons dentro de uma determinada área. Para isso, ele cria várias Torres Negras que, combinadas com os Anéis Negros, escraviza os digimons que estão nesta área. Estas Torres também neutralizam o poder da digivolução dos digimons. Os Anéis Negros podem controlar qualquer digimon, menos nos estágios perfeição e extremo.
     O responsável por toda maldade que está rodeando o Digimundo em Digimon 02 não será responsabilidade somente do Imperador Digimon. Pelo menos até os 20 primeiros episódios. A partir daí, os digiescolhidos conhecerão a verdadeira identidade do Imperador Digimon e enfim, os digimaus começarão a aparecer. A primeira a surgir será Arukenimon. Ela engana os digiescolhidos passando-se por uma mulher. Arukenimon é uma digimon aranha com grandes poderes. Outro grande poderoso digimau será Mummymon, que prenderá Davis e todos os outros com suas gazes de múmia, seguindo as ordens do grande mestre MaloMyotismon.      Este digimau é incrivelmente poderoso. É quase indestrutível e praticamente invulnerável aos ataque dos digimons.