A 5.000 anos atrás, os grandes faraós jogavam um jogo de grande e terrível poder, o Shadow Game(Jogo das Trevas), com Monstros e Verdade e Magia.   Porém esses jogos eclodiram em uma guerra que ameaçou destruir o mundo inteiro. Até que um bravo faraó trancou o poder da magia, aprisionando-as em sete místicas relíquias milenares. A história do anime acontece no tempo atual(ou seja, 5.000 depois). E conta a história de Yugi Mutou, um menino que é um grande jogador do Monstros de Duelo, um jogo de cartas que é mania em todo o país. Porém o quê ninguém sabe é que esse jogo é apenas a nova versão do Shadow Game.
  Um dia seu avô lhe dá uma caixa, e dentro dela há milhares de peças douradas de um quebra-cabeça milenar, de acordo com a profecia, aquele que consegui-se resolver o legendário Enigma do Milênio, seria o escolhido para salvar o mundo do retorno dos jogos das trevas. Quando Yugi consegue monta-lo, ele recebe poderes especiais, mudando de personalidade toda vez que duela no jogo, assim então é incorporado Yami Yugi. Porém Yugi só descobre isso mais tarde, no primeiro episódio da série Yugi duela com o campeão mundial de duel monster, Seto Kaiba, e vence invocando o monstro mais raro de todo o jogo, o legendário Exodia.
  Logo depois ele conhece Maximillion Pegasus, o criador do duel monster. Pegasus é o proprietário de uma das sete relíquias, o poderoso Olho do Milênio, e com seu olho milenar, pegasus seqüestra a alma do avô de Yugi. O forçando a entrar no maior de todos os torneios de duel monster. E nesse torneio muita coisa acontece, como o descobrimento de outras relíquias, novos amigos, e grandes revelações.