Στα όρια των νοτιοδυτικών απολήξεων του Βορά με τα χαμηλότερα βορειοανατολικά σημεία της λεκάνης του Αμυνταίου έχουν σχηματισθεί οι λίμνες Πετρών και Βεγορίτιδας. σαν συνέχεια της υδρολογικής λεκάνης της Εορδαίας.

Η λίμνη Πετρών είναι πολύ μικρότερη, δέχεται τα νερά από τη λίμνη Χειμαδίτιδα και τροφοδοτεί με τη σειρά της τη Βεγορίτιδα. Είναι μία μεσοτροφική λίμνη και η μέση στάθμη της βρίσκεται σε υψόμετρο 572 μέτρων. Η επιφάνεια της έχει έκταση 8 τετραγωνικά χιλιόμετρα, μέγιστο μήκος 6 χιλιόμετρα, μέσο βάθος ένα μέτρο, ενώ το μέγιστο βάθος της δεν ξεπερνά τα 3 μέτρα.                                        

Η λίμνη Βεγορίτιδα είναι μία από τις βαθύτερες λίμνες της Ελλάδας.  Η περιγραφή της με τα τυπικά χαρακτηριστικά μίας λίμνης είναι ιδιαίτερα δύσκολη, αφού το μέγεθος της μεταβάλλεται συνέχεια,            με τα νερά της να υποχωρούν γοργά τα τελευταία χρόνια, κυρίως λόγω της υπερβολικής άντλησης   για τις ανάγκες του υδροηλεκτρικού σταθμού Άγρα, του ατμοηλεκτρικού σταθμού Αμυνταίου-Φιλώτα και της άρδευσης των γειτονικών γεωργικών εκτάσεων. Το 1900 η στάθμη βρισκόταν σε υψόμετρο περίπου 525 μέτρων και το 1956 είχε φθάσει, μετά από μία αυξητική γενικά πορεία, αλλά και σημαντικές αυξομειώσεις, τα 543 μέτρα, που αποτελούν τη μέγιστη στάθμη που έχει παρατηρηθεί στον εικοστό αιώνα. Στη συνέχεια εμφανίστηκε μία πτωτική τάση. η οποία ανάκόπηκε κατά περιόδους.                       Τα τελευταία χρόνια (1996, 1997) εμφανίζεται μία τάση μείωσης του ρυθμού πτώσης της στάθμης της λίμνης ή σταθεροποίησης σε υψόμετρο 510 μέτρων περίπου.    Ετσι, θεωρώντας τη στάθμη σε υψόμετρο 513 μέτρων, το μέγιστο βάθος της μπορεί να φθάνει τα 70 μέτρα, το μέγιστο μήκος 15,5 χιλιόμετρα και το μέγιστο πλάτος 6,5 χιλιόμετρα, ενώ η επιφάνεια της έχει έκταση 59 τετραγωνικά χιλιόμετρα.

Αν και οι λίμνες αυτές και ιδιαίτερα η λίμνη Πετρών θεωρούνται σημαντικά υποβαθμισμένες,  εν τούτοις παρουσιάζουν μία σημαντική ποικιλία οργανισμών και ιδιαίτερα πτηνών. Στη λίμνη   Πετρών έχουν παρατηρηθεί περισσότερα από 90 είδη πουλιών, ενώ στο σύμπλεγμα των δύο  λιμνών, περισσότερα από 130, πολλά από τα οποία είναι απειλούμενα.                                                                                           Μάλιστα, στη λίμνη των Πετρών, αναπαράγονται σπάνια είδη, όπως η λαγγόνα, η οποία έχει δημιουργήσει στην περιοχή μία δεύτερη αποικία στον νομό της Φλώρινας, μετά από αυτή των Πρεσπών που ήδη αναφέρθηκε. Αυτές είναι οι δύο από τις τρεις αποικίες του είδους στην Ελλάδα,          τις μοναδικές στην Ευρωπαϊκή Ένωση.                                                                                                                     Από τα θηλαστικά εξέχουσα σημασία έχει η παρουσία της βίδρας, γιατί θεωρεί­ται πολύ καλός δείκτης καθαρότητας των νερών στα οποία ζει, άρα οι ελπίδες για διατήρηση των υγροβιότοπων αυτών σε ικανοποιητικό επίπεδο συνεχίζουν να υπάρχουν. Μοναδική είναι, τέλος, και η παρουσία ενός  ψαριού στη Βεγορίτιδα, του κορήγωνου.