Με την ονομασία Πρέσπες αναφέρεται το βορειοδυτικότερο υψίπεδο της ελληνικής επικράτειας, το οποίο απομονώνεται από τον υπόλοιπο νομό της Φλώρινας, από το Βαρνούντα ανατολικά και το Τρικλάριο (Σφήκα) νότια. Βόρεια, δεν υπάρχει φυσικό σύνορο, παρά μόνο αυτό που χωρίζει πολιτικά τη Μεγάλη Πρέσπα στα τρία γειτονικά κράτη: Ελλάδα, Αλβανία και Πρώην Γιουγκοσλαβική Δημοκρατία της Μακεδονίας. Ως οικοσύστημα περιλαμβάνει κατ' επέκταση και περιοχές που ανήκουν στις γειτονικές χώρες. Δυτικά, φυσικό σύνορο αποτελούν τα μικρότερα όρη Ντέβας και Βροντερό ( Τσουτσούλι ). Η είσοδος στην περιοχή γίνεται από ένα μικρό αυχένα, νοτιοανατολικά της λεκάνης, το Περβάλι και, πραγματικά, η πρώτη αίσθηση που δημιουργείται στον επισκέπτη είναι πως εισέρχεται «... στη λίμνη την αξέχαστη με τα δασά λιβάδια, με τα μεγάλα τα βουνά τα λογγωμένα γύρω...» όπως την περιγράφει ο ποιητής Κωστής Παλαμάς.
Οι Πρέσπες. μαζί με την αποξηραμένη λίμνη Μαλίκ στην Αλβανία και την Αχρίδα. στην περιοχή της Πρώην Γιουγκοσλαβικής Δημοκρατίας της Μακεδονίας, αποτελούσαν κατά την κλασική αρχαιότητα το σύμπλεγμα των λιμνών της Δασσαρητικής λεκάνης. Με τις ανασκαφές που έγιναν, στη δεκαετία του '60, στο νησί του Αγίου Αχιλλείου της Μικρής Πρέσπας, ήρθαν στο φως ερείπια κτισμάτων της ελληνιστικής και της ρωμαϊκής εποχής, που αποδεικνύουν την ισχυρή παρουσία του ελληνικού στοιχείου. Στις νεότερες εποχές η λίμνη Μικρή Πρέσπα ονομαζόταν και Βρυγηίς. Το όνομα αυτό δεν είναι τυχαίο, αφού είναι γνωστό ότι στην περιοχή αυτή κατοικούσαν οι αρχαίοι Φρύγες ( Βρύγες κατά την αρχαία μακεδόνικη προφορά ). Η Μικρή Πρέσπα απομονώθηκε από την ενιαία κάποτε Πρέσπα, με τη σταδιακή απόθεση φερτών υλικών από τον χείμαρρο του Αγίου Γερμανού και τη δημιουργία μίας στενής λωρίδας γης μεταξύ των δύο Πρεσπών. Μετά την εκτροπή του, κατά την περίοδο 1936-1945, ο χείμαρρος αυτός εκβάλλει πλέον στη Μεγάλη Πρέσπα. Η Μικρή Πρέσπα βρίσκεται σε υψόμετρο 853,5 μέτρων, κατά 10 περίπου μέτρα ψηλότερα από τη Μεγάλη Πρέσπα. Γι' αυτό και τα νερά της χύνονται στη Μεγάλη Πρέσπα μέσω ενός σύντομου ποταμού στη θέση «Κούλα». Είναι μία μακρόστενη, μεσοτροφική λίμνη, με το μέγιστο μήκος της να φθάνει τα 13,6 χιλιόμετρα και το νοτιότερο άκρο της να καταλήγει στην Αλβανία. Η επιφάνεια της είναι 47.35 τετραγωνικά χιλιόμετρα, από τα οποία τα 43.5 είναι στην Ελλάδα και τα υπόλοιπα στην Αλβανία. Το βαθύτερο σημείο της είναι 8.4 μέτρα, ενώ το μέσο βάθος της είναι 4.1 μέτρα.
Η Μεγάλη Πρέσπα είναι ολιγοτροφική λίμνη, έχει συνολική επιφάνεια 272 τετραγωνικά χιλιόμετρα, από τα οποία τα 37-39 είναι στην Ελλάδα. Το μέγιστο μήκος της είναι 26.9 χιλιόμετρα και το μέγιστο βάθος της 50 μέτρα. Τα νερά της επικοινωνούν υπόγεια με τη λίμνη Αχρίδα. η οποία βρίσκεται 160 μέτρα χαμηλότερα και από εκεί καταλήγουν στην Αδριατική θάλασσα μέσω του ποταμού Δρίνου. Η στάθμη της έχει πέσει σημαντικά τα τελευταία χρόνια. Η πτώση αυτή έχει αποτυπωθεί χαρακτηριστικά με μία ανοιχτόχρωμη ζώνη στα απότομα βράχια της λίμνης.
Από πολύ νωρίς αναγνωρίστηκε η μοναδικότητα και η σπουδαιότητα των Πρεσπών ως ενδιαίτημα σημαντικών ειδών οργανισμών, κυρίως πτηνών. Η Ελληνική Πολιτεία, αναγνωρίζοντας τις φυσικές αξίες της περιοχής, ανακήρυξε την περιοχή Εθνικό Δρυμό, το 1974. Πρόκειται για τον μεγαλύτερο εθνικό δρυμό στην Ελλάδα, με έκταση 250 τετραγωνικά χιλιόμετρα, από τα οποία η ζώνη απόλυτης προστασίας, ο πυρήνας, καταλαμβάνει 49,3 τετραγωνικά χιλιόμετρα. Το στοιχείο βέβαια που ξεχωρίζει τις Πρέσπες από τους υπόλοιπους εθνικούς δρυμούς δεν είναι το μέγεθος, δεν είναι ποσοτικό αλλά ποιοτικό. Είναι η μεγάλη ποικιλομορφία σε φυσικές διαπλάσεις και τύπους ενδιαιτημάτων. Από το επίπεδο του νερού των λιμνών, όπου φωλιάζουν οι Πελεκάνοι, μέχρι τις βουνοκορφές των βουνών που περιβάλλουν τις Πρέσπες και βρίσκει κρησφύγετο ο χρυσαετός, συναντά κανείς μία σειρά από διαφορετικούς βιότοπους, καλαμιώνες, υγρολίβαδα, αγροτικές εκτάσεις, δασικές διαπλάσεις, υποαλπικά και αλπικά λιβάδια.
Αυτή ακριβώς η ποικιλία των βιοτόπων απεικονίζεται επίσης και στον μεγάλο αριθμό διαφορετικών μορφών ζωής. τόσο των φυτικών ειδών, που αποτελούν την χλωρίδα της περιοχής, όσο και των ζώων που συνθέτουν την πανίδα της. Από τα 6.000 είδη φυτών της ελληνικής χλωρίδας, στις Πρέσπες απαντούν περίπου 1.400 είδη (σχεδόν το 25%). Απ' αυτά κάποια έχουν εξέχουσα σημασία. Η κενταύρια της Πρέσπας είναι ενδημικό είδος, δεν υπάρχει δηλαδή πουθενά αλλού στον κόσμο, παρά μόνο σ' αυτήν την περιοχή. Το παράσιτο φύεται μόνο σε δύο σημεία των Βαλκανίων, το ένα είναι η Πρέσπα. Τα βουνοκυπάρισσα ή κέδρα, ή άρκευθοι, συνήθως φύονται με θαμνώδη μορφή. Στις Πρέσπες και κυρίως στο ψηλότερο σημείο του δρόμου που ενώνει την Κούλα με τους Ψαράδες, γύρω από το εξωκλήσι του Αγίου Γεωργίου, τα δύο είδη αυτών των φυτών υπάρχουν με την ιδιαίτερα σπάνια για την Ευρώπη μορφή υπεραιωνόβιων δένδρων. Η περιοχή, γι' αυτόν τον λόγο, ανήκει πλέον στον πυρήνα του εθνικού δρυμού. Εκτός, όμως, από αυτά τα είδη, δεν είναι λίγα εκείνα που προσδίδουν ιδιαίτερη ομορφιά στο τοπίο και αναδεικνύουν την εικόνα των Πρεσπών, όπως τα επιφανειακά νούφαρα και τα νεροκάστανα στη Μικρή Πρέσπα. οι καλαμιώνες, οι ίριδες των βάλτων, οι βελανιδιές, οι οξιές και τα μακεδονίτικα έλατα ακόμα ψηλότερα.
Στην πανίδα της περιοχής εξέχουσα θέση καταλαμβάνουν τα πουλιά, με τους πελεκάνους να αποτελούν σύμβολα του δρυμού. Στην Ελλάδα ο αριθμός των πουλιών που έχουν παρατηρηθεί ξεπερνά τα 420 είδη. Απ' αυτά περίπου τα 260 μπορεί να τα συναντήσει κανείς στις Πρέσπες. Τα 140 περίπου είδη φωλιάζουν στην περιοχή, ενώ τα υπόλοιπα, είτε διαχειμάζουν, είτε επισκέπτονται την περιοχή κατά τη μετανάστευση.
Από τα επτά είδη πελεκάνων που υπάρχουν στον κόσμο, ο αργυροπελεκάνος και ο ροδοπελεκάνος είναι τα δύο είδη που ενδημούν στην Ευρώπη. Αναπαράγονται στην περιοχή σε κοινές αποικίες αναπαραγωγής, αλλά με ξεχωριστές ομάδες φωλιών. Ο αργυροπελεκάνος είναι λίγο μεγαλύτερος σε μέγεθος, αλλά σπανιότερος, αφού ο συνολικός αριθμός των ζευγαριών του δεν ξεπερνά τα 1300 σε παγκόσμιο επίπεδο. Θεωρείται παγκόσμια απειλούμενο είδος. Στις Πρέσπες αναπαράγεται ένας από τους μεγαλύτερους πληθυσμούς, με έναν αριθμό ζευγαριών που κυμαίνεται μεταξύ 110- 400. Συχνά οι πελεκάνοι χρησιμοποιούν γειτονικές λίμνες (Ζάζαρη, Χειμαδίτιδα. λίμνη Καστοριάς) ή ακόμα και τη λίμνη Κερκίνη για την καθημερινή αναζήτηση της τροφής τους. Η τροφή, θα πρέπει να σημειωθεί, είναι κυρίως τσιρόνια και πλατίκες, είδη για τα οποία δεν ανταγωνίζονται τους ψαράδες, αφού δεν έχουν εμπορική αξία. Από τους υπόλοιπους αντιπροσώπους των πτηνών, σημαντική είναι η παρουσία και ενός ακόμα παγκόσμια απειλούμενου είδους, της λαγγόνας. Από τα διάφορα είδη ερωδιών, ο αργυροτσικνιάς έχει στην περιοχή τον μεγαλύτερο αναπαραγόμενο πληθυσμό στην Ελλάδα (6-25 από τα 30 περίπου ζευγάρια). Η περιοχή αποτελεί ακόμα ένα από τα νοτιότερα σημεία αναπαραγωγής ενός «βόρειου» είδους, του χηνοπρίστη.
Εκτός όμως από τα πουλιά, στον Εθνικό Δρυμό Πρεσπών φιλοξενούνται και άλλες ομάδες ζώων. Υπάρχουν γύρω στα 45 είδη θηλαστικών, από τα οποία 8 είναι νυχτερίδες, ενώ από τα ερπετά έχουν παρατηρηθεί 21 είδη, από τα οποία δύο είναι χελώνες, 9 είναι σαύρες και 10 είναι φίδια. Από τα αμφίβια έχουν παρατηρηθεί 11 είδη.
Σημαντικό ρόλο στο οικοσύστημα των λιμνών παίζει επίσης και η μοναδική ιχθυοπανίδα με 20 είδη και δύο υβρίδια. Από αυτά, τα 11 είναι αυτόχθονα, ενώ τα υπόλοιπα έχουν εισαχθεί. Η μπράνα των Πρεσπών είναι ενδημικό είδος ψαριού και θεωρείται ως «κινδυνεύον» είδος στο Κόκκινο Βιβλίο των απειλούμενων σπονδυλοζώων της Ελλάδας. Επίσης, ενδημικά θεωρούνται άλλα τρία είδη, το σκουμπούζι, το τσιρόνι, η βρυγοβελονίτσα και τέσσερα υποείδη των λιμνών, η πέστροφα του Αγίου Γερμανού, η πλατίκα, το τσιρονάκι και η τσίμα.
Οι ακτές της Μικρής Πρέσπας είναι, σε μεγάλο μέρος τους, χαμηλές και ελώδεις, ενώ οι ακτές της Μεγάλης Πρέσπας είναι περισσότερο βραχώδεις και απόκρημνες, με αρκετές σπηλιές, όπου σώζονται αρκετές τοιχογραφίες αγίων.
