Classification and nomenclature of viruses

يقصـد بالتصنيف Classification

·                 هو وضع الفيروسات في مجاميع محددة الصفات

·                 تتميز كل مجموعة بصفاتها المستقلة من مجموعة أخرى.

التسمية Nomenclature

·      إطلاق الأسماء على المجاميع أو الفيروسات المختلفة تبعاً للقواعد الدولية للتسمية الخاصة بالفيروسات والتي أقرتها اللجنة الدولية لتسمية الفيروسات.

International Committee on Nomenclature of Viruses (ICNV).

التصنيــف:           Classification

صفات أساسية يجب أخذها في الإعتبار عند إجراء التصنيف للفيروسات وقد حددها Andrewes في عام 1967 كما يلي:

 

1-   نوع الحامض النـووي       Type of nucleic acid

·                 يعتبر أهم صفة يعتمد عليها في تصنيف الفيروسات

·                 يمكن بها تمييز الفيروسات وتقسيمها أو تصنيفها إلى مجموعتين رئيسيتين

·                 الفيروسات التي تحتوي على الحمض النووي DNA

·                 الفيروسات التي تحتوي على الحمض النووي RNA.

·                 يمكن إضافة حالات عديدة لهذه الصفة

·                 الحامض النووي مفرد أو مزدوج السلسلة

·                 بالإضافة إلى الوزن الجزيئي للحمض النووي.

2-   مورفولوجيا الفيروس:        Morphology

·                 تحدد الصفات المورفولوجية للفيروس بعض أنواع الفيروسات عن بعضها

·                 تتضمن هذه الصفات معرفة نظام التماثل Symmetry في الفيروسات العصوية والمتباينة التماثل Complex.

·                 في الفيروسات الكروية يمكن تحديد أعداد وحدات الغطاء البروتين المظهرية Capsomeres

·                 معرفة الفيروسات من نوع Nucleocapsid

·                 كذلك معرفة فيما إذا كان الفيروس مغلف أو غير مغلف.

 

3-   موضع تضاعف الفيروس في الخلية:            Site of growth

·                 تحدد هذه الصفة موضع تضاعف الفيروس سواءاً في السيتوبلازم أو في النواة

·                 توجد حالات تعارض في اعتبار هذه الصفة كإحدى الصفات الأساسية في التصنيف

·                 توجد بعض الفيروسات التي تصيب الفقاريات تبدأ نشاطها في نواة الخلية لتكوين البروتين النووي ثم تنتقل إلى السيتوبلازم لإستكمال بناء الحبيبة الفيروسية

·   في حالة فيروسات التي تسبب التحبب الذي يصيب الحشرات يتضاعف الفيروس في كلا من النواة والسيتويلاوم.

·   تكوين محتويات داخلية Inclusion bodies في الخلايا قد يكون من الصفات الهامة لتعريف وتصنيف الفيروسات خاصة الفيروسات النباتية وفيروسات الحشرات.

4-           إنتحـاء الفيروسات للأعضاء والأنسجة

5-            المرضية

6-            الأعراض.

Tropism, pathogencity and symptomatology

تؤخذ هذه الصفات في الإعتبار عند تصنيف الفيروسات بالرغم من قلة أهميتها عن الصفات السابقة بالإضافة إلى صفات أخرى.

وضع Gibbs وآخرون عام 1966م نظام عام لتصنيف جميع الفيروسات أو ما يعرف بالكربتوجرام الفيروسي Cryptogram

·          تضمن ذلك وضع شفرة كتابية يبين خواص الفيروس أو المجموعة الفيروسية

·          تتكون من أربعة أزواج من الصفات يعبر عنها باختصارات ممثلة في أرقام أو حروف دالة على الصفة

·          يكتب الكربتوجرام بنظام وتتابع معين كما في المثال التالي لفيروس تبرقش أوراق الدخان:

 

(Cryptogram of Tobacco mosaic virus (TMV)

 

الزوج الرابع            الزوج الثالث             الزوج الثاني                الزوج الأول

  R / 1                          2 / 5                        E / E                         S /O

 

المختصرات المتبعة من الحروف والأرقام للدلالة على صفات الفيروس:

الزوج الأول: (R / 1)

مفرد أو مزدوج السلسلة (1= مفرد , 2= مزدوج) / نوع الحامض النووي DNA أو RNA (D أو R )

الزوج الثاني: (2 / 5)     

النسبة المئوية للحامض النووي في الحبيبة الفيروسية / الوزن الجزيئي للحامض النووي بالمليون.

الزوج الثالث: (E / E)

شكل الغطاء البروتيني / الشكل الخارجي للحبيبة الفيروسية وهل يوجد غلاف أو لا يوجد.

مختصرات شكل الغطاء البروتيني:

S =   Spherical  كروية

E = Elongated with parallel ends  عصوية ذات نهايات طرفية متوازية

U = Elongated with rounded ends عصوية ذات نهايات طرفية مستديرة

X = Complex    متباينة أو ذات أشكال مختلفة عما سبق.

مختصرات الشكل الخارجي للحبيبة الفيروسية :

E = Enveloped   الحبيبة الفيروسية مغلفة.

O =                الحبيبة الفيروسية مغلفة ببروتين فيروسي.

الزوج الرابع: (S /O)

نوع الناقـل / طرق الإنتقـال / العــائل

مختصرات العوائل القابلة للإصابة:

A = Algae                    الطحالب             B = Bacterium   البكتريا

F = Fungus                  الفطريات            S = Seed plant   نباتات

I = Invertebrate           لافقاريات            V = Vertebrate  فقاريات

مختصرات طرق الإنتقـال:

O = Contact                      الإنتقال عن طريق الملامسة أو الإحتكاك.

C = Congenital                  الإنتقال عن طريق التناسل.

I = Intestinal tract              الإنتقال عن طريق البلع ثم القناة الهضمية.

R = Respiratory tract         الإنتقال عن طريق الإستنشاق Inhalation.

Ve = Invertebrate vector     الإنتقال عن طريق ناقل لا فقاري.

مختصرات نوع الناقـل:

Ac =        Arachnid  (Acrina)               الحلم والقراد  Mites and ticks

AP =                  Aphididae               حشرات المـن       Aphids

Au =        Auchenoorhyncha               حشرات النطاطات

Cl =                   Coleoptra                الخنافـس    Beetle

Di =                     Diptera                 الذباب والبعوض.

Si =              Siphonaptera                 البراغيث.

Th =              hysanoptera                 التريبـس.

Fu =                       Fungi                 فطريـات.

Ne =               Nematoda               الديدان الثعبانية.

وفي جميع الحالات يمكن كتابة الكريبتوجرام باستخدام المختصرات التالية للدلالة على أي صفة من صفات الأزواج الأربعة.

X =  صفـة الفيروس غير معروفة.

(   ) = المعلومات داخل القوسين مشكوك فيها أو غير مؤكدة.

[   ] =       الصفة خاصة بالمجموعة وليست للفيروس فقط.

وبتطبيق هذه القواعد لمختصرات الكربتوجرام الفيروسي يتضح أن 

•    TMV عبارة عن فيروس يحتوي على الحمض النووي RNA

•     مفرد السلسلة

•     والوزن الجزيئي لهذا الحمض حوالي 2 مليون دالتون 

•    ويكون 5% من وزن الحبيبة

•     كما أنه عصوي 

•     والنيكليوكابسيد بنهايات طرفية متوازية

•      وعوائله القابلة للإصابة هي النباتات البذرية 

•      كما أنه ينتقل بالملامسة

•      ولا يوجد له ناقل حيوي.

التسميـــة           Nomenclature

قسـم Fenner 1976م جميع الفيروسات المعروفة التي تصيب مختلف العوائل إلى عدد كبير من المجاميع

وضع لكل مجموعة في مستوى تقسيمي كفصيلة Family

لتسمية الفصيلة يؤخذ الإسـم الدارج والمتداول للمجموعة الفيروسية

مثل مجموعة الجدري Boxvirus group

يضاف مقطع Viridae في نهاية الكلمة وتحذف كلمة virus

كذلك كلمة group

يصبح اسـم الفصيلة Poxviridae

الفيروسات التابعة لهذه المجموعة أو تحت المجاميع توضع كأجناس تبعاً لتشابهها في صفاتها

فمثلاً تحت مجموعة فيروسات جدري الأبقار Vaccinia subgroup تعتبر كجنس تابع للفصيلة

يسمى تسمية علمية باسـم Orthopox virus

من القواعد المتبعة في تسمية الأجناس إضافة كلمة فيروس في نهاية الاسـم

أوصت بذلك اللجنة الدولية لتسمية الفيروسات

المثال التالي يوضح تصنيف فيروسات الجدري:

 

Taxonomic status الوضع التقسيمي	Vernacular name الاسم المتداول	Approved name الاسم المقرر من اللجنة الدولية	Cryptogram
Family	Poxvirus group	Poxviridae	D / 2 : 130-240 / 5-7.5 : X / O : V / o, R, Ve/Ac, Di, Si
Genera	Vaccinia subgroup Fowlpox subgroup Sheepox subgroup Myxoma subgroup Orf          subgroup Insect      subgroup	Orthpoxvirus Avipoxvirus Capripoxvirus Leporipoxvirus Parapoxvirus Entomopoxvirus

 

اتبعت نفس طرق التصنيف والتسمية للفيروسات النباتية

فمثلاً وضعت مجموعة Tobamovirus لتدل على فيروس تبرقش أوراق الدخان TMV والفيروسات الشبيهة به.

هناك عشرون مجموعة من الفيروسات النباتية يتبعها أجناس مختلفة سميت الأجناس بالطريقة السابقة

فمثلاً فيروس تبرقش أوراق الدخان Tobacco mosaic virus أطلق عليه اسـم الجنس Tobamovirus

أعتبر هذا الجنس نموذجاً مميزاً للمجموعة.

بالنسبة للفيروسات التي تصيب البكتريا أمكن وضع ثماني فصائل لتصنيف الفيروسات البكتيرية.

 

القواعد المستخدمة في تسمية الفيروسـات

Orthographic rules in nomenclature of viruses

أصدرت الجمعية العالمية لتسمية الفيروسات Inyernational committee on the nomenclature of viruses بعض القواعد الخاصة في تسمية الفيروسات وهي:

1-     لا يجوز تطبيق القواعد المتبعة في تسمية البكتريا وإستخدامها في تسمية الفيروسات.

1-      The code of bacterial nomenclature shell not be applied to viruses.

2-     يجب أن تكون التسمية دوليــة.

2-       Nomenclature should be international.

3-     يجب تطبيق التسمية عالميـاً

3-       Nomenclature should be universally applied to all viruses.

4-     المحاولة في إطلاق الأسماء اللاتينية قدر المستطاع.

4-       An effort will be made towards a latinized nomenclature

5-     الإبقاء على الأسماء اللاتينية الموجودة حالياً.

5-       Existing latinized names should be retained.

6-     لا تستخدم قواعد الأولويات في التسمية في حالة تسمية الفيروسات.

6-       The law of priority shell not be observed.

7-     إمكانية إستخدام إسـم Sigla كأحد أسماء الفيروسات أو مجموعة من الفيروسات.

7-       Sigla may be accepted as names of virus or viruses group.

8-     لا يمكن إستخدام أسماء الأشخاص في الفيروسات.

8-       No person names should be used.

9-     الأسماء المستخدمة يجب أن تكون ذو مستوى عالمي.

9-       Names should have international meaning.

10-   يجب تطبيق قواعد الهجاء المنصوص عليها من قبل الجمعية.

10-     The proposed international code of nomenclature names should be applied

11-   الأنواع الفيروسية عبارة عن مجموعة من الفيروسات المتشابهة في الصفات.

11-     The species is considered to be a collection of viruses with like characters.

12-   يمكن إستخدام الأرقام والأحرف أو كلاهما معاً في تسمية أنواع الفيروسات.

12-     Numbers, letters or combinations therefore may be accepted in constructing the names of virus species.

13-   يمكن إستخدام بعض الرموز أو الإختصارات من الأسماء اللاتينية بحيث تسبق الاســم.

13-     Symbols may be preceded by an agreed abbreviation of the latinized names of a selected host genus or if necessary by the full name.

14-   إسم الجنس هو عبارة عن مجموعة من الأنواع والتي تشارك في صفات محددة.

14-     Genus is a group of species sharing certain common characteristics.

15-   ينتهي اسم الجنس بمقطع Virus للدلالة على إسم الجنس.

15-     The ending of the name of genus is …… virus.

16-   الفصيلة أو العائلة عبارة عن مجموعة من الأجناس التي تشارك في الصفات وينتهي اسـم الفصيلة أو العائلة بمقطع Viridae للدلالة على اسم الفصيلة.

16-     A family is a group of genera with common characters and the ending of the name of viral family is ….. viridae.

 

مثال على تصنيف تسمية الفيروسات

Family:                 Paramyxoviridae

Genera	Species	Host
Paramyxovirus	Sendai virus ………………………... Human parainfluenza virus type 1- 4.. SV5 ………………………………... Mumps …………………………….. Newcastle disease virus ……………	Mouse Human Dog Human Chicken
Marbillivirus	Measles virus ……………………… Cannine distemper virus (CDV) …… Rinderpest virus …………………… Peste des pitits virus ……………….	Human Dog Cattle Ruminant
Pneumovirus	Respiratory syncytial virus ………… Bovin respiratory syncytial virus …...	Human Cattle

 

    المحاضرة: 6 زراعة الفيروسات

   المحاضرة الخامسة

   المحاضرة الرابعة

   المحاضرة الثالثة

   المحاضرة الثانية

   المحاضرة التاسعة

   المحاضرة الثامنة

   المحاضرة السابعة

   المحاضرة السادسة

   الصفحة الرئيسية

المقررات الدراسية

المحاضرة الحادية عشر

   المحاضرة العاشرة