เจดีย์ เป็นเจดีย์ทรงระฆังกลม มีอิทธิพลจากศิลปะพม่าแบบพุกาม ต่อมาได้มีการบูรณะในสมัยพระเมืองแก้ว การบูรณะครั้งหลังสุดเป็นการปรับปรุงยอด ให้เป็นแบบศิลปะพม่ายุคหลัง ใต้องค์เจดีย์มีกรุ และภาพจิตรกรรมฝาผนังประดับเท่าที่ปรากฏเหลืออยู่ เป็นภาพดอกไม้ใบไม้ และสัตว์ ซึ่งน่าจะมีอิทธิพลผสมกันระหว่างศิลปะพม่า แบบพุกาม และจีน สันนิษฐานว่าเป็นภาพเขียนประมาณพุทธศตวรรษที่ ๒๑
วัดอุโมงค์ขึ้นทะเบียนโบราณสถาน เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๗๘ และกำหนดขอบเขต เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๓