2.- Chile declara la guerra al Perú 

Mariano Ignacio Prado, presidente del Perú en 1879

Cuando el 14 de febrero Antofagasta fue ocupada por Chile,  hubo alarma en el Perú, que no solo movilizó sus fuerzas, sino que envió el 17 de marzo, en el transporte “Limeña”, una fuerza al mando del coronel Velarde, de 400 hombres que se acantonaron en Iquique y a los Cazadores de la Guardia con 385 soldados así como una batería con 4 piezas de artillería. La guerra se consideró inminente. 

Por los espías que el ministro chileno Joaquin Godoy tenía en Lima,  conoció este envío de tropas y envió el 12 de marzo a su gobierno en Santiago, un detallado informe sobre la salida del transporte “Limeña” y le pedía su captura, pues decía que si Iquique era guarnecido, más tarde iba a resultar costosa y difícil su captura por el ejército chileno. 

Se nombró como comandante general del Departamento de Marina del Callao, al capitán de navío paiteño José María García Seminario y se confirmó al contralmirante también paiteño, Antonio de la Haza como comandante general de Marina. 

El 25 de marzo, es decir,  después de la declaratoria de guerra de Bolivia a Chile, es enviado al sur el batallón  Dos de Mayo con el coronel Belisario Suárez, el Batallón Zepita con el coronel Andrés Avelino Cáceres  y el Escuadrón Guías. Todo sumaban 1.500 hombres. Los gastos eran grandes. Cuando Chile ocupó todo el litoral boliviano, es decir el 1° de abril de 1879, salió del Callao el general ayabaquino Manuel González La Cotera  que se embarcó en el transporte «Chalaco», llevando a los batallones Puno N° 6 y N°8,  así como  cuatro piezas de artillería. La Cotera llegó a su destino el 8 de abril o, sea tres días después de declarada la guerra.  El “Chalaco” con La Cotera  burlaron  a los barcos chilenos que habían empezado a patrullar las costas de la provincia de Tarapacá.  Con los nuevos contingentes, las fuerzas peruanas en Tarapacá  totalizaban 3.500 hombres, los que quedaron bajo el mando de La Cotera. El contralmirante Montero, dejó el Senado para  trasladarse al puerto de Arica con la misión de artillarlo y hacerlo inexpugnable por mar, lo que cumplió a cabalidad. 

Chile demandó del Perú que declarase su inmediata neutralidad y el presidente general Mariano Ignacio Prado respondió que esperaría hasta el 24 de abril en que se reunía el Congreso, pero Chile no quiso esperar y el 5 de abril de 1879 declaró la guerra al Perú y de inmediato su escuadra  bloqueó los puertos de la provincia de  Tarapacá. La declaratoria de guerra decía:  

«Declaratoria de Guerra: Santiago, abril 5 de 1879. Señor Intendente: en virtud de la facultad que me confiere el número 18 del artículo 82 de la constitución del estado y la ley del 4 de presente; He acordado y decreto: El gobierno de Chile declara la guerra al gobierno del Perú. El ministro de relaciones exteriores comunicará a las naciones amigas esta declaración, exponiendo los justos motivos de la guerra; y el del interior la hará llegar a noticia de los ciudadanos de la república  mandándola publicar con la solemnidad debida. Dado en Santiago el día 5 de abril de 1879: A.Pinto,-Prats.-Alejandro Fierro.- Saavedra.- J. Gana.- Julio Zegers

El día 6 el presidente Prado expidió un decreto expresando que habían causales para hacer funcionar la alianza del pacto secreto y el 15 del mismo mes se firmó un protocolo entre Perú y Bolivia poniendo en funcionamiento la alianza. De acuerdo a este documento, Bolivia aportaría 12.000 soldados y el Perú  8.000 más toda su escuadra. Bolivia  no tenía un solo barco, Los aportes terrestres se podían aumentar. Bolivia correría con todos los gastos de la campaña, incluyendo los extraordinarios como la movilización del ejército y de la armada, los de compra de armamento y buques, así como también indemnizaría el valor de los buques y armamentos perdidos. Como todos los puertos bolivianos estaban en poder de Chile, se habilitaron Arica y Mollendo para el ingreso de mercadería extranjera con destino a Bolivia, debiendo repartirse en partes iguales los ingresos arancelarios, que se usarían en gastos de guerra. 

Pero resulta que Bolivia no estaba en condiciones económicas de cumplir con los pagos del protocolo, por cuyo motivo el 17 de junio el Protocolo fue modificado en el sentido de que Bolivia sólo abonaría al Perú la mitad de los gastos de guerra. La realidad mostró que Bolivia no pudo cumplir ni con los nuevos acuerdos.